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Enregistrement W2990138864 · doi:10.1182/blood.2019002699

Distinct molecular profile of IRF4-rearranged large B-cell lymphoma

2019· article· en· W2990138864 sur OpenAlexaff
Joan E. Ramis-Zaldivar, Blanca González‐Farré, Olga Balagué, Verónica Celis, Ferran Nadeu, Julia Salmerón‐Villalobos, Mara Andrés, Idoia Martín‐Guerrero, Marta Garrido‐Pontnou, Ayman Gaafar, Mariona Suñol, Carmen Bárcena, F. García-Bragado, Maitane Andión, Daniel Azorín, Itziar Astigarraga, Maria Sagaseta de Ilurdoz, Constantino Sábado, Soledad Gallego, Jaime Verdú‐Amorós, Rafael Fernández‐Delgado, Vanesa Estepa Pérez, Gustavo Tapia, Anna Mozos, Montserrat Torrent, Palma Solano‐Páez, Alfredo Rivas‐Delgado, Iván Dlouhy, Guillem Clot, Anna Enjuanes, Armando López‐Guillermo, Pallavi Galera, Matthew J. Oberley, Colleen Ramsower, Lisa M. Rimsza, Leticia Quintanilla‐Martínez, Elaine S. Jaffe, Elı́as Campo, Itziar Salaverría

Notice bibliographique

RevueBlood · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLymphoma Diagnosis and Treatment
Établissements canadiensPediatric Oncology Group
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesEuropean Regional Development FundNational Cancer InstituteGeneralitat de CatalunyaMinisterio de Economía y CompetitividadAgència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de RecercaInstituto de Salud Carlos III
Mots-clésIRF4Cancer researchBiologyCDKN2AGerminal centerLymphomaDiffuse large B-cell lymphomaB cellAggressive lymphomaGene expression profilingB-cell lymphomaGeneticsGeneImmunologyGene expressionTranscription factorAntibody

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pediatric large B-cell lymphomas (LBCLs) share morphological and phenotypic features with adult types but have better prognosis. The higher frequency of some subtypes such as LBCL with IRF4 rearrangement (LBCL-IRF4) in children suggests that some age-related biological differences may exist. To characterize the genetic and molecular heterogeneity of these tumors, we studied 31 diffuse LBCLs (DLBCLs), not otherwise specified (NOS); 20 LBCL-IRF4 cases; and 12 cases of high-grade B-cell lymphoma (HGBCL), NOS in patients ≤25 years using an integrated approach, including targeted gene sequencing, copy-number arrays, and gene expression profiling. Each subgroup displayed different molecular profiles. LBCL-IRF4 had frequent mutations in IRF4 and NF-κB pathway genes (CARD11, CD79B, and MYD88), losses of 17p13 and gains of chromosome 7, 11q12.3-q25, whereas DLBCL, NOS was predominantly of germinal center B-cell (GCB) subtype and carried gene mutations similar to the adult counterpart (eg, SOCS1 and KMT2D), gains of 2p16/REL, and losses of 19p13/CD70. A subset of HGBCL, NOS displayed recurrent alterations of Burkitt lymphoma-related genes such as MYC, ID3, and DDX3X and homozygous deletions of 9p21/CDKN2A, whereas other cases were genetically closer to GCB DLBCL. Factors related to unfavorable outcome were age >18 years; activated B-cell (ABC) DLBCL profile, HGBCL, NOS, high genetic complexity, 1q21-q44 gains, 2p16/REL gains/amplifications, 19p13/CD70 homozygous deletions, and TP53 and MYC mutations. In conclusion, these findings further unravel the molecular heterogeneity of pediatric and young adult LBCL, improve the classification of this group of tumors, and provide new parameters for risk stratification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,529
Score d'incertitude au seuil0,605

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,005
Tête enseignante GPT0,220
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations123
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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