Identification, Evolution, and Expression Profiling of Histone Lysine Methylation Moderators in Brassica rapa
Notice bibliographique
Résumé
Histone modifications, such as methylation and demethylation, are vital for regulating chromatin structure, thus affecting its expression patterns. The objective of this study is to understand the phylogenetic relationships, genomic organization, diversification of motif modules, gene duplications, co-regulatory network analysis, and expression dynamics of histone lysine methyltransferases and histone demethylase in Brassica rapa. We identified 60 SET (HKMTases), 53 JmjC, and 4 LSD (HDMases) genes in B. rapa. The domain composition analysis subcategorized them into seven and nine subgroups, respectively. Duplication analysis for paralogous pairs of SET and JmjC (eight and nine pairs, respectively) exhibited variation. Interestingly, three pairs of SET exhibited Ka/Ks > 1.00 values, signifying positive selection, whereas the remaining underwent purifying selection with values less than 1.00. Furthermore, RT-PCR validation analysis and RNA-sequence data acquired on six different tissues (i.e., leaf, stem, callus, silique, flower, and root) revealed dynamic expression patterns. This comprehensive study on the abundance, classification, co-regulatory network analysis, gene duplication, and responses to heat and cold stress of SET and JmjC provides insights into the structure and diversification of these family members in B. rapa. This study will be helpful to reveal functions of these putative SET and JmjC genes in B. rapa.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».