Structural genomics applied to the rust fungus Melampsora larici-populina reveals two candidate effector proteins adopting cystine knot and NTF2-like protein folds
Notice bibliographique
Résumé
Rust fungi are plant pathogens that secrete an arsenal of effector proteins interfering with plant functions and promoting parasitic infection. Effectors are often species-specific, evolve rapidly, and display low sequence similarities with known proteins. How rust fungal effectors function in host cells remains elusive, and biochemical and structural approaches have been scarcely used to tackle this question. In this study, we produced recombinant proteins of eleven candidate effectors of the leaf rust fungus Melampsora larici-populina in Escherichia coli. We successfully purified and solved the three-dimensional structure of two proteins, MLP124266 and MLP124017, using NMR spectroscopy. Although both MLP124266 and MLP124017 show no sequence similarity with known proteins, they exhibit structural similarities to knottins, which are disulfide-rich small proteins characterized by intricate disulfide bridges, and to nuclear transport factor 2-like proteins, which are molecular containers involved in a wide range of functions, respectively. Interestingly, such structural folds have not been reported so far in pathogen effectors, indicating that MLP124266 and MLP124017 may bear novel functions related to pathogenicity. Our findings show that sequence-unrelated effectors can adopt folds similar to known proteins, and encourage the use of biochemical and structural approaches to functionally characterize effector candidates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».