Pathogénicité potentielle et résistance antimicrobienne des Escherichia coli isolés des poulets au Sénégal, au Canada (Québec) et au Vietnam
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli est un hôte normal du tractus intestinal du poulet, mais ce tractus intestinal peut inclure des E. coli pathogènes aviaires (APEC) ou des potentiels E. coli pathogènes extraintestinaux (ExPEC), susceptibles de provoquer une maladie chez l'humain. Ces E. coli peuvent également être résistants aux antimicrobiens d’importance critique en santé humaine ou vétérinaire. La dissémination des résistances antimicrobiennes (RAM) peut être assurée par des clones ou des plasmides. Cependant, au Québec, au Sénégal et au Vietnam, le rôle des clones et des plasmides dans la résistance et la virulence des E. coli n’est pas encore élucidé. Au Sénégal, 68,2% et 86,2% des isolats indicateurs retrouvés chez des poulets sains et ceux récupérés d’animaux malades respectivement, étaient multirésistants (MDR); cette prévalence pour les isolats indicateurs était de 62,6% au Québec et 99,0% au Vietnam. Chez les isolats cliniques du Sénégal, la non-susceptibilité aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) était exclusivement due aux gènes blaCTX-M [5 isolats (8,6%)]. S’agissant des isolats issus de poulets sains, la non-susceptibilité aux C3G était due autant aux gènes blaCTX-M [14 isolats (5,6%; IC95% = 1,4 – 9,8) pour le Sénégal et 37 (19,8%; IC95% = 4,3 – 35,3) pour le Vietnam)] qu’au gène blaCMY-2 [28 (11,2%; IC95% = 2,7 – 19,6) au Sénégal et 27 (14,4%; IC95% = 0,0 – 30,5) au Vietnam] tandis qu’au Québec, cette résistance relève essentiellement de blaCMY-2 [88 (50,3%; IC95% = 34,9 – 65,7)]; seulement 3 isolats (1,7%; IC95% = 0,0 – 4,8) étant positifs à blaCTX-M. La prévalence de non-susceptibilité aux quinolones parmi les isolats indicateurs était très élevée au Vietnam (83,7% pour l’acide nalidixique et 59,6% pour la ciprofloxacine); moyenne au Sénégal (44,0% pour l’acide nalidixique et 22,9% pour la ciprofloxacine) et très faible au Québec (4,0% pour l’acide nalidixique et 1,0% pour la ciprofloxacine). La résistance à la ciprofloxacine avait un déterminisme chromosomique, car la double mutation sérine (gyrA Ser83Leu et parC Ser80Ile) était observée dans 88,2% (IC95% = 81,8 – 94,5) d’isolats testés au Sénégal et 82,0% (IC95% = 69,9 – 94,1) au Vietnam. Autant les plasmides que les clones semblaient impliqués dans la dissémination des résistances aux C3G. En effet, les gènes blaCTX-M/blaCMY-2 étaient, quel que soit le pays, portés majoritairement par le plasmide I1 et accessoirement par d’autres plasmides tels que K/B, FIB, A/C, B/O, etc. et certains isolats provenant des fermes différentes au Sénégal et au Vietnam étaient étroitement apparentés. Quant à la résistance à la colistine, aucun isolat n’était résistant à cet antimicrobien au Québec. En revanche au Vietnam, 11 isolats (8,7%; IC95% = 0.0 – 34,4) producteurs d’ESBL/AmpC et tous positifs au gène mcr-1 étaient résistants à la colistine, tandis qu’au Sénégal, 2 (2,2%; IC95% = 0,0 – 5,4) isolats fécaux positifs à blaCTX-M, mais négatifs aux gènes mcr-1 et mcr-2, étaient résistants à la colistine. Les deux isolats du Sénégal étaient négatifs pour mcr-1 et mcr-2, mais avaient des mutations dans le système à deux composantes pmrA/pmrB. Enfin, certains isolats cliniques du Sénégal et d’autres parmi ceux provenant des poulets sains au Sénégal, au Québec et au Vietnam, étaient définis comme étant potentiellement capables d’infecter les humains. Ces résultats suggèrent que les poulets constituent un réservoir à la fois de E. coli résistants aux antimicrobiens et potentiellement pathogènes pour les humains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,017 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».