Zoonotic tuberculosis in India: looking beyond <i>Mycobacterium bovis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background Zoonotic tuberculosis (zTB) is the transmission of Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) subspecies from animals to humans. zTB is generally quantified by determining the proportion of human isolates that are Mycobacterium bovis . Although India has the world’s largest number of human TB cases and the largest cattle population, where bovine TB is endemic, the burden of zTB is unknown. Methods To obtain estimates of zTB in India, a PCR-based approach was applied to sub-speciate positive MGIT® cultures from 940 patients (548 pulmonary, 392 extrapulmonary disease) at a large referral hospital in India. Twenty-five isolates of interest were subject to whole genome sequencing (WGS) and compared with 715 publicly available MTBC sequences from South Asia. Findings A conclusive identification was obtained for 939 samples; wildtype M. bovis was not identified (95% CI: 0 – 0.4%). There were 912 M. tuberculosis sensu stricto (97.0%, 95% CI: 95.7 – 98.0), 7 M. orygis (95% CI: 0.3 – 1.5%); 5 M. bovis BCG, and 15 non-tuberculous mycobacteria. WGS analysis of 715 MTBC sequences again identified no M. bovis (95% CI: 0 – 0.4%). Human and cattle MTBC isolates were interspersed within the M. orgyis and M. tuberculosis sensu stricto lineages. Interpretation M. bovis prevalence in humans is an inadequate proxy of zTB in India. The recovery of M. orygis from humans, together with the finding of M. tuberculosis in cattle, underscores the need for One Health investigations to assess the burden of zTB in countries with endemic bovine TB. Funding Bill & Melinda Gates Foundation, Canadian Institutes for Health Research
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».