Molecular Docking Studies to Understand the Potential Role of Ginger Compounds (6-Gingerol and 6-Shogaol) on Anti-Angiogenic and Anti-Lymphangiogenic Mechanisms
Notice bibliographique
Résumé
Background: 6-Gingerol and 6-Shogaol are novel biologically active phenol compounds isolated from rhizomes of Ginger (Zingiber officinale Roscoe), which has a potential role as anti-inflammatory, anti-oxidant and apoptotic. Till date there are no scientific reports on the functional properties of Ginger against the molecular mechanisms of angiogenesis, lymphangiogenesis, and metastasis. Hence, in the present study we have explored the feasibility of active ginger compounds (6-Gingerol and 6-Shogaol) to validate their molecular mechanisms on angiogenesis and lymphangiogenesis in breast cancer progression through in silico approach. Methodology: Studies have been targeted to find the interactions between selected protein receptors, which play a pivotal role in angiogenesis and lymphangiogenesis and ligands of Ginger compounds (6-Gingerol and 6-Shogaol) by using Accelrys discovery studio 2.5, followed by analysis of data. Results: Based on the in silico approaches, we found the best interactions between ginger compounds (6-Gingerol and 6-Shogaol) and targeted protein molecules as shown less than 3.10 A0H-bond distance to indicate higher binding affinity and stronger interactions and high docking scores. We demonstrate docking interactions of 6-Gingerol with the proteins involved in angiogenesis like VEGF-A (3QTK), VEGFR-1 (5ABD), VEGFR-2/VEGF-E COMPLEX (3V6B, Angiopoietin-2 (4JZC), PDGF-B (4QCI), KDR (5EW3) and with the proteins involved in lymphangiogenesis such as VEGF-C(2XIX), VEGF-C in complex with domains of 2 and 3 of VEGFR2 (2X1W), NRP2(4QDS) and Neuropilin-1/VEGF-A complex (4DEQ). Similarly, our data shows that 6-Shogaol also interacts with angiogenic specific proteins, like [VEGF-A (3QTK), VEGFR-1 (5ABD), VEGFR-2/VEGF-E COMPLEX (3V6B), Angiopoietin-2 (4JZC), PDGF-B (4QCI), KDR (5EW3)] and lymphangiogenesis [VEGF-C(2XIX), VEGF-C in complex with domains of 2 and 3 of VEGFR2 (2X1W), NRP2(4QDS) and Neuropilin-1/VEGF-A complex (4DEQ)]. Discussion: In silico approaches suggest a stronger binding affinity between the ginger compounds (6-Gingerol and 6-Shogaol) and selected proteins critical in angiogenesis and lymphangiogenesis. The present study underlines the feasibility of neutraceuticals to target the pathways participating in breast cancer progression through neovascularization. Our results also advocate 6-Gingerol to be more potent inhibitor of lymphangiogenesis assessed by its binding efficacy with VEGF-C and NRP2 (4QDS) as compared against 6-Shogaol.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».