The Two Classic Pb<sup>2+</sup>‐Selective DNAzymes Are Related: Rational Evolution for Understanding Metal Selectivity
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In 1994, the first DNAzyme named GR5 was reported, which specifically requires Pb 2+ for its RNA cleavage activity. Three years later, the 8‐17 DNAzyme was isolated. The 8‐17 DNAzyme and the related 17 E DNAzyme are also most active with Pb 2+ , although other divalent metals can work as well. GR5 and 17 E have the same substrate sequence, and their catalytic loops in the enzyme strands also have a few similar and conserved nucleotides. Considering these, we hypothesized that 17 E might be a special form of GR5. To test this hypothesis, we performed systematic rational evolution experiments to gradually mutate GR5 toward 17 E . By using the activity ratio in the presence of Pb 2+ and Mg 2+ for defining these two DNAzymes, the critical nucleotide was identified to be T 12 in 17 E for metal specificity. In addition, G 9 in GR5 is a position not found in most 17 E or 8‐17 DNAzymes, and G 9 needs to be added to rescue GR5 activity if T 12 becomes a cytosine. This study highlights the links between these two classic and widely used DNAzymes, and offers new insight into the sequence–activity relationship related to metal selectivity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».