MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2991140219 · doi:10.1002/humu.23960

Recurrent arginine substitutions in the <i>ACTG2</i> gene are the primary driver of disease burden and severity in visceral myopathy

2019· article· en· W2991140219 sur OpenAlexaff
Nurit Assia Batzir, Pranjali Bhagwat, Austin Larson, Zeynep Coban‐Akdemir, Maciej Bagłaj, Leon Bofferding, Katherine B. Bosanko, Skander Bouassida, Bert Callewaert, Ashley Cannon, Yazmin Enchautegui Colon, Adolfo D. Garnica, Margaret Harr, Sandra Heck, Anna Hurst, Shalini N. Jhangiani, Bertrand Isidor, Rebecca O. Littlejohn, Pengfei Liu, Pilar Magoulas, Helen Mar Fan, Ronit Marom, Scott McLean, Marjan M. Nezarati, Kimberly Nugent, Michael B. Petersen, Maria Linda Rocha, Elizabeth Roeder, Robert Śmigiel, Ian Tully, James D. Weisfeld‐Adams, Katerina Wells, Jennifer E. Posey, James R. Lupski, Arthur L. Beaudet, Michael F. Wangler

Notice bibliographique

RevueHuman Mutation · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMuscle Physiology and Disorders
Établissements canadiensNorth York General HospitalUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNational Heart, Lung, and Blood InstituteNational Institute of Neurological Disorders and StrokeNational Human Genome Research InstituteVlaamse regeringJohns Hopkins University
Mots-clésBiologyMyopathyArginineGeneticsDiseaseGenePrimary (astronomy)BioinformaticsInternal medicineAmino acidMedicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Visceral myopathy with abnormal intestinal and bladder peristalsis includes a clinical spectrum with megacystis-microcolon intestinal hypoperistalsis syndrome and chronic intestinal pseudo-obstruction. The vast majority of cases are caused by dominant variants in ACTG2; however, the overall genetic architecture of visceral myopathy has not been well-characterized. We ascertained 53 families, with visceral myopathy based on megacystis, functional bladder/gastrointestinal obstruction, or microcolon. A combination of targeted ACTG2 sequencing and exome sequencing was used. We report a molecular diagnostic rate of 64% (34/53), of which 97% (33/34) is attributed to ACTG2. Strikingly, missense mutations in five conserved arginine residues involving CpG dinucleotides accounted for 49% (26/53) of disease in the cohort. As a group, the ACTG2-negative cases had a more favorable clinical outcome and more restricted disease. Within the ACTG2-positive group, poor outcomes (characterized by total parenteral nutrition dependence, death, or transplantation) were invariably due to one of the arginine missense alleles. Analysis of specific residues suggests a severity spectrum of p.Arg178>p.Arg257>p.Arg40 along with other less-frequently reported sites p.Arg63 and p.Arg211. These results provide genotype-phenotype correlation for ACTG2-related disease and demonstrate the importance of arginine missense changes in visceral myopathy.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,549
Score d'incertitude au seuil0,159

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueHuman MutationMême sujetMuscle Physiology and DisordersTravaux en français237 207