<scp>polygene</scp>: Population genetics analyses for autopolyploids based on allelic phenotypes
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Polyploidy has appeared in almost every ancestral plant lineage, and in extant species, occurs frequently. When present, polyploidy presents problems for genetic data analysis, which are caused by both genotypic ambiguities and double‐reduction. To address these problems, we developed a new software package, polygene , which enables the estimation of genotypic frequencies for a number of polysomic inheritance models. Specifically, polygene obtains posterior probabilities for genotypes hidden within allelic phenotypes. Comprehensive modes of genetic analyses are provided by polygene, which include genetic diversity analysis, tests for allelic phenotypic or genotypic distributions, linkage disequilibrium and genetic differentiation, genetic distance analysis, principal coordinates analysis, hierarchical clustering analysis, individual inbreeding coefficient estimation, individual heterozygosity index estimation, population assignment, pairwise relatedness estimation, parentage analysis, analysis of molecular variance and Bayesian clustering. polygene enables easy and convenient allelic phenotype‐ or genotype‐based analysis for both autopolyploids and diploids. polygene will thus facilitate molecular ecology research involving autopolyploids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».