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Enregistrement W2991342816 · doi:10.1101/844092

A resource of targeted mutant mouse lines for 5,061 genes

2019· preprint· en· W2991342816 sur OpenAlexafffund
Marie‐Christine Birling, Atsushi Yoshiki, David J. Adams, Shinya Ayabe, Arthur L. Beaudet, Joanna Bottomley, Allan Bradley, Steve D. M. Brown, Antje Bürger, Wendy Bushell, Francesco Chiani, Hsian‐Jean Chin, Skevoulla Christou, Gemma Codner, Francesco J. DeMayo, Mary E. Dickinson, Brendan Doe, Leah Rae Donahue, Martin Fray, Alessia Gambadoro, Xiang Gao, Marina Gertsenstein, Alba Gomez-Segura, Leslie O. Goodwin, Jason D. Heaney, Yann Hérault, Martin Hrabě de Angelis, Si‐Tse Jiang, Monica J. Justice, Petr Kašpárek, Ruairidh King, Ralf Kühn, Ho Lee, Young Jae Lee, Zhiwei Liu, K. C. Kent Lloyd, Isabel Lorenzo, Ann‐Marie Mallon, Colin McKerlie, Terrence F. Meehan, Stuart Newman, Lauryl Mj Nutter, Goo Taeg Oh, Guillaume Pavlovic, Ramiro Ramírez‐Solis, Barry P. Rosen, Edward J. Ryder, Luís Santos, Joel Schick, John R. Seavitt, Radislav Sedláček, Claudia Seisenberger, Je Kyung Seong, William C. Skarnes, Tania Sorg, Karen P. Steel, Masaru Tamura, Glauco P. Tocchini‐Valentini, Chi‐Kuang Leo Wang, Hannah Wardle‐Jones, Marie Wattenhofer‐Donzé, Sara Wells, Brandon Willis, Joshua A. Wood, Wolfgang Wurst, Ying Xu, Lydia Teboul, Stephen A. Murray

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAnimal Genetics and Reproduction
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenToronto Centre for Phenogenomics
Organismes subventionnairesNIH Office of the DirectorRIKENMedical Research CouncilPHENOMINAkademie Věd České RepublikyCommon FundUniversité de StrasbourgInstitut National de la Santé et de la Recherche MédicaleCentre National de la Recherche ScientifiqueMinisterstvo Školství, Mládeže a TělovýchovyMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyWellcome TrustAgence Nationale de la RechercheEuropean Regional Development FundEuropean CommissionGenome CanadaNational Institutes of HealthOntario GenomicsNational Research FoundationINFRAFRONTIER
Mots-clésAlleleMutantGeneGeneticsBiologyNull alleleGenomeReporter geneComputational biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The International Mouse Phenotyping Consortium reports the generation of new mouse mutant strains for over 5,000 genes from targeted embryonic stem cells on the C57BL/6N genetic background. This includes 2,850 null alleles for which no equivalent mutant mouse line exists, 2,987 novel conditional-ready alleles, and 4,433 novel reporter alleles. This nearly triples the number of genes with reporter alleles and almost doubles the number of conditional alleles available to the scientific community. When combined with more than 30 years of community effort, the total mutant allele mouse resource covers more than half of the genome. The extensively validated collection is archived and distributed through public repositories, facilitating availability to the worldwide biomedical research community, and expanding our understanding of gene function and human disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,058
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,221
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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