Genetic boundaries delineate the potential human pathogen Salmonella bongori into discrete lineages: divergence and speciation
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Salmonella bongori infect mainly cold-blooded hosts, but infections by S. bongori in warm-blooded hosts have been reported. We hypothesized that S. bongori might have diverged into distinct phylogenetic lineages, with some being able to infect warm-blooded hosts. RESULTS: To inspect the divergence status of S. bongori, we first completely sequenced the parakeet isolate RKS3044 and compared it with other sequenced S. bongori strains. We found that RKS3044 contained a novel T6SS encoded in a pathogenicity island-like structure, in addition to a T6SS encoded in SPI-22, which is common to all S. bongori strains so far reported. This novel T6SS resembled the SPI-19 T6SS of the warm-blooded host infecting Salmonella Subgroup I lineages. Genomic sequence comparisons revealed different genomic sequence amelioration events among the S. bongori strains, including a unique CTAG tetranucleotide degeneration pattern in RKS3044, suggesting non-overlapping gene pools between RKS3044 and other S. bongori lineages/strains leading to their independent accumulation of genomic variations. We further proved the existence of a clear-cut genetic boundary between RKS3044 and the other S. bongori lineages/strains analyzed in this study. CONCLUSIONS: The warm-blooded host-infecting S. bongori strain RKS3044 has diverged with distinct genomic features from other S. bongori strains, including a novel T6SS encoded in a previously not reported pathogenicity island-like structure and a unique genomic sequence degeneration pattern. These findings alert cautions about the emergence of new pathogens originating from non-pathogenic ancestors by acquiring specific pathogenic traits.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».