Advances in Identifying and Characterizing the Human Proteome
Notice bibliographique
Résumé
On the basis of the January 2019 updates on the curation and annotation of the human proteome by neXtProt4 (https://www.nextprot.org/) from the standardized reanalysis of mass spectrometry (MS) data sets by PeptideAtlas5 (http://www.\npeptideatlas.org/), which form the baseline for the 2019 papers in this special issue, Omenn et al. (10.1021/acs.jproteome.9b00434) report that highly credible findings supportProtein Evidence Level 1 (PE1) for 17 694 protein-coding genes, 89.3% of the total 19 823 predicted human proteincoding genes. In this annual metric of the human proteome paper, these numbers represent a net increase of 224 PE1 proteins due to the promotion of 213 PE2,3,4 entries to PE1 and\na net decrease of only 57 missing proteins (MPs) due to 60 PE1 demotions and 116 new PE2,3,4 entries, primarily immunoglobulins. The dynamics of the year-to-year changes in neXtProt are quite complex, as explained in this article. A chromosome-bychromosome analysis showed that four chromosomes (1, 5, 17, 19) have had reductions of between 50 and 130 MPs, and another four (2, 3, 10, X) have had 43−47 fewer MPs since the baseline for the neXt-MP50 Challenge in 2016. Utilizing ProteomeXchange, PRIDE, and other data resources, PeptideAtlas documented an increase of 495 canonical proteins from 120 new human sample data sets; three data sets from the JPR 2018 special issue contributed a major proportion of these with 161 of the 495. The canonical proteins from PeptideAtlas account for 98% of the 16 600 PE1 neXtProt entries based on MS, compliant with the stringent HPP Guidelines v2.1.6 More than half of the new canonical proteins were already PE1 but were based on other kinds of non-mass-spectrometry protein evidence
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,007 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,004 | 0,004 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».