Draft genome sequence reveals co-occurrence of multiple antimicrobial resistance and plant probiotic traits in rice root endophytic strain Burkholderia sp. LS-044 affiliated to Burkholderia cepacia complex
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Members of the Burkholderia cepacia complex (Bcc) have been isolated from various environmental and clinical samples and reportedly pose a threat to human health. Here we examine the draft genome sequence of Burkholderia sp. LS-044, an antibiotic-resistant endophytic strain affiliated to the Bcc (ST895) inhabiting rice (Oryza sativa ssp. japonica cv. Tainung 71) root. METHODS: Antimicrobial susceptibility of LS-044 was evaluated comparatively with other Burkholderia sp. (CC-Al74 and CC-3XP9) using commercial ATB PSE 5 test strips. The genome of LS-044 was sequenced using an Illumina MiSeq platform. Plant probiotic and antimicrobial resistance genes were screened by Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST), CARD 2017, NCBI and/or UniProt. RESULTS: Plant-associated members of Bcc (LS-044 and CC-Al74) exhibited greater resistance to the majority of antibiotics tested. The draft genome sequence of LS-044 contained 8.78 Mbp in 62 contigs having a G + C content of 66.5%, 8868 coding sequences and 75 RNAs. The genome harboured genes coding for LysR-type β-lactamase transcription regulator, classes A, C and D β-lactamases, several metal-dependent β-lactamases, antibiotic efflux proteins, and proteins conferring resistance to colistin, streptothricin, colicin and fluoroquinolones. Similarly, it also possessed genes for copper homeostasis, copper-cobalt-zinc-cadmium-chromium resistance and reduction of mercury. Genes involved in flagellar motility, hydrolysis of murein and chitin, production of siderophore and auxin, and metabolism of aromatic compounds were also found. CONCLUSION: Genome sequence data revealed an interlinked occurrence of plant probiotic traits and antimicrobial resistance in the rice root endophyte LS-044.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».