Chromosomal Imbalances in Germinal Center B-Cell-Like and Activated B-Cell-Like Diffuse Large B-Cell Lymphoma Influence Gene Expression Signatures and Improve Gene Expression-Based Survival Prediction(the First Two Authors Contributed Equally to This Work).
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Germinal center B-cell (GCB)-like and activated B-cell (ABC)-like diffuse large B-cell lymphomas (DLBCL) are characterized by different recurrent chromosomal imbalances. In a series of 177 untreated de novo DLBCL analyzed by comparative genomic hybridization (CGH), GCB-like DLBCL had shown more frequent gains of chromosome 12p/12cen-q14 (22% vs 5%, p=.0025), whereas ABC-like DLBCL had shown more frequent gains of 3/3q27-qter (34% vs 6%; p<0.0001), 18q21 (36% vs 11%;p=0.0002) and losses of 6q21-q23 (36% vs 20%; p=0.0269). We investigated the impact of chromosomal imbalances on the transcription of genes localized in the corresponding chromosomal regions, and on gene expression signatures, as previously defined (Rosenwald et al, N Engl J Med2002;346:1937–1947), as well as on survival. Results: Gains/amplifications of chromosomes 2p, 3q, 12q and 18q resulted in different gene expression patterns depending on the array-defined DLBCL subtype. For example, 18q gains/amplifications correlated with overexpression of P15RS, MADH2, MADH4, LOC51320 and PMAIP1 in GCB-like DLBCL, whereas P15RS, MIZ1, MADH2, ME2, MADH4, LOC51320, MALT1, PMAIP1, BCL2, FVT1 and NFATC1 were overexpressed in ABC-like DLBCL with 18q gains/amplifications (p<0.05). Chromosomal imbalances also were strongly associated with certain alterations of gene expression signatures. Gains of chromosome 7 in GCB-like DLBCL, losses of chromosome 17p13 in ABC-like DLBCL, and gains of chromosome 12 both in GCB- and ABC-like DLBCL resulted in a loss of the T-cell signature (p<0.001). Similarily, ABC-like DLBCL with gains of chromosome 3q but not Xp, or gains of 8q showed a loss of the lymph node signature, whereas ABC-like DLBCL with gains of Xp but not 3q showed a strong lymph node signature (p<0.001). Importantly, chromosomal imbalances were identified (gains of Xp, 3p, and losses of 6q13) that significantly improved the previously-defined gene expression-based outcome predictor for DLBCL patients (Rosenwald et al., NEJM, 2002). Conclusion: In GCB-like and ABC-like DLBCL, chromosomal imbalances lead to subgroup-specific overexpression of genes located within the gained/amplified regions. Chromosomal imbalances furthermore are associated with profound changes in the gene expression signatures in both GCB- and ABC-like DLBCL. Importantly, consideration of chromosomal imbalances significantly improves on the previously-defined gene expression based outcome predictors for DLBCL patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».