Whole genome molecular characterization of Infectious Pancreatic Necrosis Viruses isolated in Turkey
Notice bibliographique
Résumé
Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) causes infectious pancreatic necrosis (IPN) in fish. IPN disease was first found in 2002 in Turkey. In this study, 10 IPNV isolates were isolated between 2005 and 2013 and propagated in RTG-2 cell cultures. RNAs obtained from cell lysates were used as template and VP1, VP2, VP3, VP4 and VP5 genes of the virus were amplified in full length. Sequence analyses of the genes were made. The obtained sequences were compared with international reference strains from GenBank and phylogenetic analyses and genogrouping of the viruses were conducted. Turkish isolates were found to show a genetic similarity of between 93.5% and 99.8% in terms of molecules. When segment A sequences were compared with each other, a similarity between 97.8% and 99.8% was found; when they were compared with international reference strains, they were found to have the highest similarity (99.3%) with France AJ622822 isolate and the lowest (65.7%) similarity with Canada NC001915 isolate. When segment B sequences of the isolates were compared with each other, a similarity between 93.5% and 99.5% was found; when they were compared with international reference strains, they were found to have the highest similarity (98.9%) with Canada M58757 isolate and the lowest (52.7%) similarity with Finland KY548519 strain. As a result of phylogenetic analyses conducted, Turkish isolates were found to be closely related with France, Spain and Iran strains in serotype A2 and genogroup 5 they were placed in.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».