PSVI-14 Differentially expressed microRNAs with potential regulatory roles in ileum of Holstein cows with subclinical Johne’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Paratuberculosis or Johne’s disease (JD), caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), is a chronic inflammatory disorder of the intestinal tract of ruminants. The mechanisms of JD pathogenesis remain unclear but MAP can cause chronic inflammatory lesions in the terminal small intestine of cattle. Using microRNA (miRNA) transcriptome analysis, this study investigated the impact of MAP infection on miRNA expression and their potential regulatory roles in JD progression. Ileal tissues were collected from MAP infected Holstein cows (n = 5) and healthy cows (n = 5). Purified total RNA were used to construct libraries followed by next generation sequencing, bioinformatic processing using a standard pipeline, differential miRNA expression analysis with DESeq2 software, and functional enrichment with ClueGo app in Cytoscape. A total of 269 miRNAs were expressed in ileal tissue including three abundantly expressed miRNAs (Bta-miR-143; 54.05% of total read counts), bta-miR-145 (11.54%) and bta-miR-192 (4.31%)). Twenty miRNAs were significantly (P < 0.05) differently expressed (DE) when comparing ileal tissues from MAP infected and uninfected cows. Bta-miR-383 (fold change = -12.93) and bta-miR-1842 (fold-change = 8.17) were the most down- and up-regulated miRNAs, respectively. Amongst the DE miRNAs, bta-miR-146a, bta-miR-146b and bta-miR-393 are inflammation-related miRNAs and considered potential biomarkers of bovine mastitis and other diseases, while bta-miR-370 and bta-miR-383 are associated with lipid metabolism. The predicted target genes of DE miRNAs were enriched (P < 0.05) for gene ontology terms related to regulation of metabolic, cell and developmental processes, and immune system development. KEGG pathway analysis revealed potential involvement in immune regulation (e.g. T-cell receptor signaling and C-type lectin receptor signaling pathways) and pathways in cancer were also enriched (P < 0.05). Our results indicate that some DE miRNAs play important roles by regulating metabolism and immune processes during JD and provide DE miRNAs that might form targets for future development of intervention measures.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».