Phosphorylation of Tet3 by cdk5 is critical for robust activation of BRN2 during neuronal differentiation
Notice bibliographique
Résumé
Tet3 regulates the dynamic balance between 5-methylcyotsine (5mC) and 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) in DNA during brain development and homeostasis. However, it remains unclear how its functions are modulated in a context-dependent manner during neuronal differentiation. Here, we show that cyclin-dependent kinase 5 (cdk5) phosphorylates Tet3 at the highly conserved serine 1310 and 1379 residues within its catalytic domain, changing its in vitro dioxygenase activity. Interestingly, when stably expressed in Tet1, 2, 3 triple-knockout mouse embryonic stem cells (ESCs), wild-type Tet3 induces higher level of 5hmC and concomitant expression of genes associated with neurogenesis whereas phosphor-mutant (S1310A/S1379A) Tet3 causes elevated 5hmC and expression of genes that are linked to metabolic processes. Consistent with this observation, Tet3-knockout mouse ESCs rescued with wild-type Tet3 have higher level of 5hmC at the promoter of neuron-specific gene BRN2 when compared to cells that expressed phosphor-mutant Tet3. Wild-type and phosphor-mutant Tet3 also exhibit differential binding affinity to histone variant H2A.Z. The differential 5hmC enrichment and H2A.Z occupancy at BRN2 promoter is correlated with higher gene expression and more efficient neuronal differentiation of ESCs that expressed wild-type Tet3. Taken together, our results suggest that cdk5-mediated phosphorylation of Tet3 is required for robust activation of neuronal differentiation program.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».