23 Differential microRNA expression in jejunal tissue and jejunal lymph nodes following naturally occurring Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis infection in Holstein cows
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Mycobacterium avium subsp. Paratuberculosis (MAP) is the causal agent of Johne’s disease (JD), a chronic intestinal disease affecting ruminants worldwide. This study investigated miRNA expression in jejunal intestine (JE) and jejunal lymph nodes (JELN), and the potential regulatory roles of miRNAs during JD progression. JE and JELN tissues were collected from 5 MAP positive (JD subclinical stage) Holstein cows and 5 MAP negative cows. Following miRNA sequencing, bioinformatic processing with a standard pipeline and functional analysis with ClueGo, 272 and 333 miRNAs were identified in JE and JELN, respectively. Compared with MAP negative cows, 13 and 71 miRNAs were differently expressed (DE) (P < 0.05) in MAP infected JE and JELN, respectively. The most up-regulated and down-regulated miRNAs were bta-miR-485 (fold change = 6.18) and bta-miR-451 (fold change = -6.81), and bta-miR-331-5p (fold change = 35.56) and bta-miR-2285bk (fold change = -61.25) in JE and JELN, respectively. In JE, some DE miRNAs (miR-147 and miR-199a-5p) have been associated with glucose metabolism while several DE miRNAs in JELN have associations with immune response to disease (e.g. miR-146a and miR-146b have been associated with bovine mastitis and miR331-5p and miR-184 are important for human cancers). Target genes of JELN DE miRNAs were enriched (P < 0.05) for more gene ontology terms (n = 180) and KEGG pathways (n = 123) as compared with JE (n = 90 and 25, respectively). Furthermore, JELN DE miRNAs were uniquely enriched in several immune related pathways including immune response regulating/activating signal transduction, T-cell/B-cell receptor signaling, Toll-like receptor signaling, TNF signaling pathways, etc., suggesting potential regulatory roles for JELN DE miRNAs in the host immune response to JD. In addition, interactions between DE miRNAs and DE mRNAs (expressed in the same samples) demonstrated important functions for miR-2284/2285 family members in JELN response to MAP infection. In conclusion, these results suggest site specific regulatory roles for miRNAs during MAP infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».