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Enregistrement W2994660274 · doi:10.1038/s41598-019-55818-z

A Novel Joint Brain Network Analysis Using Longitudinal Alzheimer’s Disease Data

2019· article· en· W2994660274 sur OpenAlexaff
Suprateek Kundu, Joshua Lukemire, Yikai Wang, Ying Guo, Michael W. Weiner, Norbert Schuff, Howard J. Rosen, Bruce L. Miller, Thomas C. Neylan, Jacqueline Hayes, Shannon Finley, Paul Aisen, Zaven S. Khachaturian, Ronald G. Thomas, Michael Donohue, Sarah Walter, Devon Gessert, Tamie Sather, Gus Jiminez, Leon J. Thal, James B. Brewer, Helen Vanderswag, Adam Fleisher, Melissa Davis, Rosemary Morrison, Ronald Petersen, Clifford R. Jack, Matt A. Bernstein, Bret Borowski, Jeff Gunter, Matthew L. Senjem, Prashanthi Vemuri, David T. Jones, Kejal Kantarci, Chad Ward, Sara S. Mason, Colleen S. Albers, David S. Knopman, Kris Johnson, William J. Jagust, Susan Landau, John Q. Trojanowki, Leslie M. Shaw, Virginia Lee, Magdalena Korecka, Michal Figurski, Steven E. Arnold, Jason Karlawish, David A. Wolk, Arthur W. Toga, Karen Crawford, Scott Neu, Lon S. Schneider, Sonia Pawluczyk, Mauricio Beccera, Liberty Teodoro, Bryan M. Spann, Laurel Beckett, Danielle Harvey, Evan Fletcher, Owen Carmichael, John Olichney, Charles DeCarli, Robert C. Green, Reisa A. Sperling, Keith A. Johnson, Gad A. Marshall, Meghan Frey, Barton Lane, Allyson Rosen, Jared Tinklenberg, Andrew J. Saykin, Tatiana Foroud, Li Shen, Kelley Faber, Sung Eun Kim, Kwangsik Nho, Martin R. Farlow, AnnMarie Hake, Brandy R. Matthews, Scott Herring, Cynthia Hunt, John C. Morris, Marc Raichle, Davie Holtzman, Nigel J. Cairns, Erin Householder, Lisa Taylor‐Reinwald, Beau M. Ances, Maria Carroll, Sue Leon, Mark A. Mintun, Stacy Schneider, Angela Oliver, Lisa Raudin, Greg Sorensen, Lew Kuller, Oscar L. Lopez, MaryAnn Oakley, Steven M. Paul, Norman Relkin, Gloria Chaing, Peter J. Davies, Howard Fillit, Franz Hefti, Marek-Marsel Mesulam, Diana Kerwin, Kristine Lipowski, Chuang‐Kuo Wu, Nancy E. Johnson, Jordan Grafman, William C. Potter, Peter J. Snyder, Adam Schwartz, Tom Montine, Elaine R. Peskind, Nick C. Fox, Paul M. Thompson, Liana G. Apostolova, Kathleen Tingus, Ellen Woo, Daniel Silverman, Po H. Lu, George Bartzokis, Robert A. Koeppe, Judith L. Heidebrink, Joanne Lord, Steven G. Potkin, Adrian Preda, Dana Nguyenv, Norm Foster, Eric M. Reiman, Kewei Chen, Pierre N. Tariot, Stephanie Reeder, Steven Potkin, Ruth A. Mulnard, Gaby Thai, Catherine Mc-Adams-Ortiz, Neil Buckholtz, John Hsiao, Marylyn Albert, Marilyn Albert, Chiadi Onyike, Daniel D’Agostino, Stephanie Kielb, Donna M. Simpson, Richard Frank, Jeffrey Kaye, Joseph Quinn, Betty Lind, Raina Carter, Sara Dolen, Rachelle S. Doody, Javier Villanueva‐Meyer, Munir Chowdhury, Susan Rountree, Mimi Dang, Yaakov Stern, Lawrence S. Honig, Karen L. Bell, Daniel Marson, Randall Griffith, David G. Clark, David Geldmacher, John Brockington, Erik D. Roberson, Hillel Grossman, Effie Mitsis, Leyla de Toledo‐Morrell, Raj C. Shah, Debra Fleischman, Konstantinos Arfanakis, Ranjan Duara, Daniel Varon, Maria T. Greig, Peggy Roberts, James E. Galvin, Brittany Cerbone, Christina A. Michel, Henry Rusinek, Mony J. de Leon, Lidia Glodzik, Susan De Santi, P. Murali Doraiswamy, Jeffrey R. Petrella, Terence Z. Wong, Olga James, Charles D. Smith, Gregory A. Jicha, Peter Hardy, Partha Sinha, Elizabeth Oates, Gary Conrad, Anton P. Porsteinsson, Bonnie S. Goldstein, Kim Martin, Kelly M. Makino, M. Saleem Ismail, Connie Brand, Kyle Womack, Dana Mathews, Mary Quiceno, Ramon Diaz‐Arrastia, Richard King, Myron Weiner, Kristen Martin-Cook, Michael D. Devous, Allan I. Levey, James J. Lah, Janet S. Cellar, Jeffrey M. Burns, Heather S. Anderson, Russell H. Swerdlow, Neill R. Graff‐Radford, Francine Parfitt, Tracy Kendall, Heather Johnson, Christopher H. van Dyck, Richard E. Carson, Martha G. MacAvoy, Howard Chertkow, Howard Bergman, Chris Hosein, Sandra E. Black, Bojana Stefanovic, Curtis Caldwell, Ging‐Yuek Robin Hsiung, Howard Feldman, Benita Mudge, Michele Assaly, Andrew Kertesz, John Rogers, Charles Bernick, Donna Munic, Elizabeth Finger, Stephen Pasternak, Irina Rachinsky, Dick Drost, Carl Sadowsky, Walter Martínez, Teresa Villena, Raymond Scott Turner, Kathleen Johnson, Brigid Reynolds, Marwan N. Sabbagh, Christine M. Belden, Sandra A. Jacobson, Sherye A. Sirrel, Neil W. Kowall, Ronald Killiany, Andrew E. Budson, Alexander Norbash, Patricia Lynn Johnson, Joanne Allard, Alan J. Lerner, Paula Ogrocki, Leon Hudson, Smita Kittur, Michael Borrie, T‐Y Lee, Robert Bartha, Sterling C. Johnson, Sanjay Asthana, Cynthia M. Carlsson, J. Jay Fruehling, Sandra Harding, Vernice Bates, Horacio Capote, Michelle Rainka, Douglas W. Scharre, Maria Kataki, Anahita Adeli, Eric C. Petrie, Gail Li, Earl A. Zimmerman, Dzintra Celmins, Alice D. Brown, Godfrey D. Pearlson, Karen Blank, Karen Anderson, Robert B. Santulli, Tamar J. Kitzmiller, Eben S. Schwartz, Kaycee M. Sink, Jeff D. Williamson, Pradeep Garg, Franklin Watkins, Brian R. Ott, Henry Querfurth, Geoffrey Tremont, Stephen Salloway, Paul Malloy, Stephen Correia, Jacobo Mintzer, Kenneth Spicer, David Bachman, Dino Massoglia, Nunzio Pomara, Raymundo Hernando, Antero Sarrael, Susan K. Schultz, Laura L. Boles Ponto, Hyungsub Shim, Karen E. Smith, Amanda Smith, Kristin Fargher, Balebail Ashok Raj, Karl E. Friedl, Jerome A. Yesavage, Joy L. Taylor, Ansgar J. Furst

Notice bibliographique

RevueScientific Reports · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineNeuroscience
ThématiqueFunctional Brain Connectivity Studies
Établissements canadiensSt Joseph's Health CareSunnybrook Health Science CentreSt Joseph's Health CentreMcGill UniversityJewish General Hospital
Organismes subventionnairesNational Center for Advancing Translational SciencesNational Institute of Mental HealthNational Institute on Aging
Mots-clésAlzheimer's diseaseComputer scienceJoint (building)DiseaseLongitudinal dataData scienceNeuroscienceMedicineData miningBiologyInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

There is well-documented evidence of brain network differences between individuals with Alzheimer's disease (AD) and healthy controls (HC). To date, imaging studies investigating brain networks in these populations have typically been cross-sectional, and the reproducibility of such findings is somewhat unclear. In a novel study, we use the longitudinal ADNI data on the whole brain to jointly compute the brain network at baseline and one-year using a state of the art approach that pools information across both time points to yield distinct visit-specific networks for the AD and HC cohorts, resulting in more accurate inferences. We perform a multiscale comparison of the AD and HC networks in terms of global network metrics as well as at the more granular level of resting state networks defined under a whole brain parcellation. Our analysis illustrates a decrease in small-worldedness in the AD group at both the time points and also identifies more local network features and hub nodes that are disrupted due to the progression of AD. We also obtain high reproducibility of the HC network across visits. On the other hand, a separate estimation of the networks at each visit using standard graphical approaches reveals fewer meaningful differences and lower reproducibility.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,011
Score d'incertitude au seuil0,022

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0030,002
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,172
Tête enseignante GPT0,327
Écart entre enseignants0,154 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations26
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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