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Enregistrement W2994807934 · doi:10.1101/2019.12.11.869693

Chromosome-scale genome assembly provides insights into rye biology, evolution, and agronomic potential

2019· preprint· en· W2994807934 sur OpenAlexafffund
M. Timothy Rabanus‐Wallace, Bernd Hackauf, Martin Mascher, Thomas Lux, Thomas Wicker, Heidrun Gundlach, Mariana Báez, Andreas Houben, Klaus Mayer, Liangliang Guo, Jesse Poland, Curtis Pozniak, Sean Walkowiak, Joanna Melonek, Coraline R. Praz, Mona Schreiber, Hikmet Budak, Matthias Heuberger, Burkhard Steuernagel, Brande B. H. Wulff, Andreas Börner, Brook Byrns, Jana Čížková, Brian Fowler, Allan K. Fritz, Axel Himmelbach, Gemy Kaithakottil, Jens Keilwagen, Beat Keller, David Konkin, Jamie Larsen, Qiang Li, Beata Myśków, Sudharsan Padmarasu, Nidhi Rawat, Uğur Sesiz, Sezgi Biyiklioglu, Andy Sharpe, Hana Šimková, Ian Small, David Swarbreck, Helena Toegelová, Н. В. Цветкова, A. V. Voylokov, Jan Vrána, Eva Bauer, Hanna Bolibok-Brągoszewska, Jaroslav Doležel, Anthony Hall, Jizeng Jia, Viktor Korzun, André Laroche, Xuefeng Ma, Frank Ordon, Hakan Özkan, Monika Rakoczy‐Trojanowska, Uwe Scholz, Alan H. Schulman, Dörthe Siekmann, Stefan Stojałowski, Vijay Tiwari, M. Spannagl, Nils Stein

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2019
Typepreprint
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueWheat and Barley Genetics and Pathology
Établissements canadiensGlobal Institute for Water SecurityAgriculture and Agri-Food CanadaNational Research Council CanadaUniversity of Saskatchewan
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaDirectorate for Biological SciencesGerman Network for Bioinformatics InfrastructureBundesministerium für Bildung und ForschungEuropean Regional Development FundDeutsche ForschungsgemeinschaftBundesministerium für Ernährung und LandwirtschaftBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilGrantová Agentura České RepublikyLeibniz-GemeinschaftUniversitätsmedizin Göttingen
Mots-clésTriticeaeSecaleBiologyTriticaleGenomeGeneticsChromosomePlant disease resistanceChromosome engineeringGenome evolutionGeneAgronomy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract We present a chromosome-scale annotated assembly of the rye ( Secale cereale L. inbred line ‘Lo7’) genome, which we use to explore Triticeae genomic evolution, and rye’s superior disease and stress tolerance. The rye genome shares chromosome-level organization with other Triticeae cereals, but exhibits unique retrotransposon dynamics and structural features. Crop improvement in rye, as well as in wheat and triticale, will profit from investigations of rye gene families implicated in pathogen resistance, low temperature tolerance, and fertility control systems for hybrid breeding. We show that rye introgressions in wheat breeding panels can be characterised in high-throughput to predict the yield effects and trade-offs of rye chromatin.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,904
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,192
Écart entre enseignants0,183 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations31
Publié2019
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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