Transposon mutagenesis and characterisation of the selenite reduction pathway in Methylosinus trichosporium
Notice bibliographique
Résumé
This study aimed to identify genes responsible for remediation of selenite pollution in the methane-oxidising bacterium Ms. trichosporium OB3b. It was proposed to achieve this by making a library of mutants inactivated in different genes and screening these mutants to see which were deficient in the remediation reactions and hence identify genes that are involved. The pSAM_Rl plasmid, which contains the mariner transposon and was developed for use in the Rhizobiaceae, was introduced into Ms. trichosporium by conjugative transfer of the plasmid from E. coli SM10 λpir. The progeny from the conjugation were kanamycin (Km) resistant (strongly suggesting they contain the plasmid) and resistant to nalidixic acid (confirming removal of the E. coli donor strain). The presence of the transposon and its distribution around the chromosome were confirmed by genome sequencing of 18 randomly selected clones. To make a transposon library suitable for screening, single colonies were picked from the conjugation plates onto a regular 6 8 grids on fresh plates to allow transfer of the library into 96-well plates with a Microplate Replicator. The individual clones of the library were stored in NMS medium with 30% glycerol at -80ºC in 96-well plates. 5,500 clones prepared in this way were screened on NMS agar with Km and selenite, to identify any mutants that were unable to reduce selenite to red elemental selenium. Screening of the library identified a mutant with liminished selenite-reduction activity. This mutant was inactivated in one of two gene copies of pmoB, encoding the largest subunit of the particulate methane monooxygenase involved in oxidizing methane to methanol. Hence, it may be impaired in selenite reduction due to a general deficiency of reducing equivalents within the cell. Parallel experiments investigating the cellular localization of selenite-reducing activity indicated that the cytoplasmic selenite-reducing activity is likely to be due to a small molecule, because when the proteins of cytoplasm were digested the cytoplasm still reduced selenite.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».