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Enregistrement W2995153414 · doi:10.5167/uzh-163714

Genetic screen to identify novel potential regulators of dorsal closure in "Drosophila melanogaster"

2007· dissertation· en· W2995153414 sur OpenAlexfundno aff
Marcel Zarske

Notice bibliographique

RevueZurich Open Repository and Archive (University of Zurich) · 2007
Typedissertation
Langueen
DomaineMaterials Science
ThématiqueSilk-based biomaterials and applications
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Center for Research ResourcesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of Health
Mots-clésDrosophila melanogasterDorsumBiologyClosure (psychology)Genetic screenDrosophila (subgenus)Computational biologyGeneticsNeuroscienceEvolutionary biologyAnatomyGenePhenotypePolitical scienceLaw

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Dorsal closure of the Drosophila embryo represents the best characterized example of epithelial movement and fusion.This is due to the advanced genetics which allowed the identification of numerous genes that participate in dorsal closure.A deeper knowledge of the molecular mechanisms that drive dorsal closure leads also to a better understanding of other similar epithelial closure events such as wound healing and other processes that involve cell shape changes in general.The small Rho GTPases Drac1 and Dcdc42 are essential regulators of actin cytoskeleton dynamics and therefore are also key players in dorsal closure.To identify novel signaling components of Drac1 and Dcdc42 that potentially act during dorsal closure, we performed a genetic screen.To this end, we misexpressed dominant negative forms of either Drac1 or Dcdc42 (Drac1 N17 or Dcdc42 N17 ) specifically in the eye by using the Gal4/UAS-system.As a consequence, the resulting tester flies displayed eyes with a disrupted structure ("rough eye" phenotype) that was used as a starting point for a gain-of-function screen.Approximately 10'000 flies with random insertions of a UAS-containing enhancer promoter (EP) element were crossed to the Drac1 N17 or Dcdc42 N17 tester flies and the F1 generation was screened for modification of the rough eye phenotype.We selected modifiers that improved eye structure, i.e. suppressed the rough eye phenotype.Modification of the rough eye phenotype is supposed to be caused by EP dependent transcription of a nearby gene.These genes thus encode potential Drac or Dcdc42 signaling components.The decision to screen for eye (instead of dorsal closure) phenotype modifications was motivated, first, by the viability of the corresponding tester lines that made it possible to screen the F1 generation and, second, by the relative ease to examine the subtle eye phenotype modifications -to score for a partial suppression of the severe dorsal closure phenotypes caused by Drac1 N17 or Dcdc42 N17 embryonic overexpression was supposed to be too demanding and time consuming for this kind of large scale screening.This approach led to the identification of 17 genes, none of which has been previously reported to interact with Drac1 or Dcdc42.Their potential role in dorsal closure has not yet been investigated except for one suppressor gene: falafel.Loss-of-function mutations in falafel were generated that indeed resulted in various defects in dorsal closure besides other phenotypes.Thus this genetic approach identified at least one novel gene implicated in dorsal closure that probably would not have been picked up in conventional loss-of-function screens as its mutant phenotype is pleiotropic.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,789
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,247 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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