A General Mass Spectrometry-Based Method of Quantitating Prion Polymorphisms from Heterozygous Chronic Wasting Disease-Infected Cervids
Notice bibliographique
Résumé
Chronic wasting disease (CWD) is the only prion disease naturally transmitted among farmed and free-ranging cervids (deer, elk, moose, etc.). These diseases are always fatal and have long asymptomatic incubation periods. By 2019, CWD-infected cervids had been detected in 26 states, three Canadian provinces, South Korea, Norway, Finland, and Sweden. Prions (PrP Sc ) replicate by inducing a normal cellular prion protein (PrP C ) to adopt the prion conformation. This prion templated conformational conversion is influenced by PrP C polymorphisms. Cervid PrP C contains at least 20 different polymorphic sites. By using chymotrypsin, trypsin, or trypsin followed by chymotrypsin to digest denatured cervid PrP, 19 peptides suitable for multiple reaction monitoring (MRM)-based analysis and spanning positions 30–51, 61–112, and 114–231 of cervid PrP were identified. Ten of these peptides span polymorphism-containing regions of cervid PrP. The other nine contain no polymorphisms, so they can be used as internal standards. Calibration curves relating the area ratios of MRM signals from polymorphism-containing peptides to appropriate internal standard peptides were linear and had excellent correlation coefficients. Samples from heterozygous (G 96 /S 96 ) white-tailed deer orally dosed with CWD from homozygous (G 96 /G 96 ) deer were analyzed. The G 96 polymorphism comprised 75 ± 5% of the total PrP from the G 96 /S 96 heterozygotes. Heterozygous animals facilitate conversion of different PrP C polymorphisms into PrP Sc . This approach can be used to quantitate the relative amounts of the polymorphisms present in other animal species and even humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».