Comparison of sulfide‐oxidizing <i>Sulfurimonas</i> strains reveals a new mode of thiosulfate formation in subsurface environments
Notice bibliographique
Résumé
Summary Sulfur‐oxidizing Sulfurimonas spp. are widespread in sediments, hydrothermal vent fields, aquifers and subsurface environments such as oil reservoirs where they play an important role in the sulfur cycle. We determined the genome sequence of the oil field isolate Sulfurimonas sp. strain CVO and compared its gene expression during nitrate‐dependent sulfide oxidation to the coastal sediment isolate Sulfurimonas denitrificans . Formation of elemental sulfur (S 0 ) and high expression of sulfide quinone oxidoreductase (SQR) genes indicates that sulfide oxidation in both strains is mediated by SQR. Subsequent oxidation of S 0 was achieved by the sulfur oxidation enzyme complex (SOX). In the coastal S. denitrificans , the genes are arranged and expressed as two clusters: soxXY 1 Z 1 AB and soxCDY 2 Z 2 H , and sulfate was the sole metabolic end product. By contrast, the oil field strain CVO has only the soxCDY 2 Z 2 H cluster and not soxXY 1 Z 1 AB . Despite the absence of the soxXY 1 Z 1 AB cluster, strain CVO oxidized S 0 to thiosulfate and sulfate, demonstrating that soxCDY 2 Z 2 H genes alone are sufficient for S 0 oxidation in Sulfurimonas spp. and that thiosulfate is an additional metabolic end product. Screening of publicly available metagenomes revealed that Sulfurimonas spp. with only the soxCDY 2 Z 2 H cluster are widespread suggesting this mechanism of thiosulfate formation is environmentally significant.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».