<i>In Situ</i> Processing and Efficient Environmental Detection iSPEED of pests and pathogens of trees using point-of-use real-time pcr
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The increase in global trade is responsible for a surge in foreign invasive species introductions across the world. Early detection and surveillance activities are essential to prevent future invasions. Molecular diagnostics by DNA testing has become an integral part of this process. However, for environmental applications, there is a need for cost-effective and efficient point-of-use DNA testing that would allow for the collection of results in real-time away from laboratory facilities. To achieve this requires the development of simple and fast sample processing and DNA extraction, room-temperature stable reagents and a portable instrument. We conducted a series of tests using a crude buffer-based DNA extraction protocol and lyophilized, pre-made, reactions to address the first two requirements. We chose to demonstrate the use of this approach with organisms that cover a broad spectrum of known undesirable insects and pathogens: the ascomycete Sphaerulina musiva , the oomycete Phytophthora ramorum , the basidiomycetes Cronartium ribicola and Cronartium comandrae and the insect Lymantria dispar . Tests performed from either infected leaf material or spores (pathogens), or legs and antenna (insects). We were able to obtain positive amplification for the targeted species in all the samples tested. The shelf-life of the lyophilized reactions was assessed, confirming the stability of over a year at room temperature. Finally, successful tests conducted with portable thermocyclers and disposable plastics, demonstrating the suitability of the method, named in Situ Processing and Efficient Environment Detection (iSPEED), for field testing. This kit is ideally adapted to field testing as it fits in a backpack and can be carried to remote locations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».