MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2996084924 · doi:10.3767/persoonia.2020.44.05

Phylogeny and species delimitation of <i>Strobilomyces</i> (<i>Boletaceae</i>), with an emphasis on the Asian species

2019· article· en· W2996084924 sur OpenAlexaff
Li Han, Guojun Wu, Egon Horak, Roy E. Halling, Jianping Xu, E.S.T. Ndolo, Hirotoshi Sato, Nigel Fechner, Yash Pal Sharma, Zhao Yang

Notice bibliographique

RevuePersoonia - Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant and Fungal Species Descriptions
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesNational Ten Thousand Talent ProgramYouth Innovation Promotion AssociationKunming Institute of Botany, Chinese Academy of SciencesRecruitment Program of Global ExpertsNational Science FoundationYouth Innovation Promotion Association of the Chinese Academy of SciencesNational Geographic SocietyNational Natural Science Foundation of ChinaChinese Academy of Sciences
Mots-clésBiologyPhylogenetic treePhylogeneticsZoologyEvolutionary biologyTaxonomy (biology)GenusGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Strobilomyces is broadly distributed geographically and serves an important ecological function. However, it has been difficult to delimit species within the genus, primarily due to developmental variations and phenotypic plasticity. To elucidate phylogenetic relationships among species within the genus and to understand its species diversity, especially in Asia, materials of the genus collected from five continents (Africa, Asia, Australia, Europe, and North/Central America) were investigated. The phylogeny of Strobilomyces was reconstructed based on nucleotide sequences of four genes coding for: the largest and the second largest subunits of the RNA polymerase II ( RPB 1 and RPB 2); the translation elongation factor subunit 1-α ( TEF 1); and the mitochondrial cytochrome oxidase subunit 3 ( COX 3). The combined results based on molecular phylogenetics, morphological characters, host tree associations, and geographical distribution patterns support a new classification consisting of two sections, sect. Strobilomyces and sect. Echinati . Using the genealogical concordance phylogenetic species recognition (GCPSR) approach, at least 33 phylogenetic species in Asia can be delimited, all of which are supported by morphological features, and five phylogenetic species remain to be described. The mountainous region of Southwest China is especially special, containing at least 21 species and likely represents a centre of diversification. We further compared our specimens with the type specimens of 25 species of Strobilomyces . Our comparisons suggest that, there are a total of 31 distinct species, while S. sanmingensis, S. verruculosus , S. subnigricans , and S. zangii / S. areolatus , are synonyms of S. mirandus , S. giganteus , S. alpinus and S. seminudus , respectively. Eight new species, namely, S. albidus , S. anthracinus , S. calidus , S. cingulatus , S. densisquamosus , S. douformis , S. microreticulatus and S. pinophilus , are described. A dichotomous key to the Asian Strobilomyces species is provided.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,428
Score d'incertitude au seuil0,675

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,188
Écart entre enseignants0,180 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2019
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePersoonia - Molecular Phylogeny and Evolution of FungiMême sujetPlant and Fungal Species DescriptionsTravaux en français237 207