Genomic Characterization of HPV-related and Gastric-type Endocervical Adenocarcinoma: Correlation With Subtype and Clinical Behavior
Notice bibliographique
Résumé
The majority of endocervical adenocarcinomas (EAs) are caused by human papillomavirus (HPV). Gastric-type EA, the second most common EA and unrelated to HPV, is biologically different with a more aggressive clinical course. Our knowledge of the molecular fingerprint of these important EA types and its role in diagnosis, prognosis and management is still evolving. Thus, we sought to evaluate the genomic profile of HPV-related and gastric EA. Clinical information including patient outcome was gathered for 56 tumors (45 HPV-associated and 11 gastric-type) surveying evaluated by a targeted massively parallel sequencing assay (OncoPanel platform) which surveys exonic DNA sequences of 447 cancer genes and 191 regions across 60 genes for rearrangement detection. KRAS, TP53, and PIK3CA were the most commonly mutated genes (10, 10, and 9 cases, respectively). Alterations in TP53, STK11, CDKN2A, ATM, and NTRK3 were significantly more common in gastric-type EA (P<0.05, Fisher exact test). Disease recurrence and/or death occurred in 14/49 (29%) cases with clinical information available 7 HPV-related (18% of HPV-related cases with clinical information available) and 7 gastric-type (64% of gastric-type cases with clinical information available). Tumors associated with adverse outcome, regardless of histotype, more commonly had alterations in KRAS (2 HPV-related, 4 gastric-type), GNAS (3 HPV-related, 1 gastric-type), and CDKN2A (0 HPV-related, 3 gastric type) compared with indolent-behaving cases (P<0.05, Fisher exact test). A total of 8/56 (14%) tumors harbored at least one actionable mutation; of these, 6 (75%) were associated with recurrence and/or cancer-related death. Copy number variations were detected in 45/56 cases (80%). The most frequent were chromosome 20 gain and 16q loss, identified in 7 cases each (all HPV-associated EA). The mutational profile of EA is diverse and correlates with clinical behavior and EA subtype. Thus, targeted sequencing assays can potentially serve as a diagnostic and prognostic tool. It can also identify targetable alterations, which may benefit patients with recurrent/metastatic disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».