Development of specimen processing workflows for mass spectrometric detection and characterization of TDP-43
Notice bibliographique
Résumé
Transactive response DNA-binding protein 43 kDa (TDP-43) is a highly conserved protein that regulates nucleic acid processing. In humans, TDP-43 is widely expressed across different tissues in the body. In frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis, two progressive neurodegenerative diseases, TDP-43 forms insoluble aggregates in central nervous tissues. Unfortunately, there is no cure for these diseases and a definitive diagnosis can only be made upon autopsy. As such, there is great interest in detecting, characterizing and quantifying TDP-43 and its disease-related post-translational modifications to investigate pathogenesis and as a potential biomarker. Characteristic TDP-43 post-translational modifications of TDP-43 deposits in frontotemporal dementia and amyotrophic lateral sclerosis include ubiquitination, hyper-phosphorylation, and proteolytic fragmentation. These pathological deposits have been primarily characterized by immunometric methods, namely western blot analysis, and thus methods with greater structural resolution are needed to aid in our understanding of the pathological processes associated with TDP-43 misfolding and aggregation. Detailed analysis of TDP-43 in human tissues and biofluids is hindered by sample complexity and the relatively low abundance of TDP-43. The aims of this thesis were thus to (1) develop a selective and multiplex method for the detection and characterization of TDP-43 using liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), and (2) develop protocols for enrichment of TDP-43 from human fluids, tissues and cells to improve analytical sensitivity. Application of the LC-MS/MS method enabled detection and characterization of TDP-43 in biological matrices including human cell lines and human brain tissue. In addition, aptamer enrichment of endogenous TDP-43 from these biological matrices led to improved signal-to-noise ratios and increased sequence coverage, when coupled to the LC-MS/MS method. This targeted multiplex mass spectrometric provides the opportunity for characterization of pathological forms of TDP-43 at higher resolution compared to ligand binding methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,009 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».