Reuse of voucher specimens provides insights into the genomic associations and taxonomic value of wing colour and genitalic differences in a pest group (Lepidoptera: Tortricidae: <i>Choristoneura</i> )
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Subtle morphological differences can be essential to diagnosing closely related species, and an understanding of the genetic basis of these characters can contribute to understanding their divergences. We used voucher specimens from previous genetic analyses of population structure to subsequently analyse genome‐wide associations linking morphology to genetic variation in spruce budworms, a group of economically important and morphologically similar forest pests. In particular, we assessed the taxonomic value and genetic architecture of two morphological traits (wing pattern and genitalic spicule abundance) that have been reported to differ among spruce budworm species. Our results suggest that phallic spicule number has greater taxonomic utility than wing pattern for distinguishing Choristoneura fumiferana (Clemens) from Choristoneura occidentalis occidentalis Freeman and Choristoneura occidentalis biennis Freeman. However, there was considerable overlap among taxa for all phenotypic characters analysed. In a genome‐wide association study, wing pattern variation was significantly associated with four single nucleotide polymorphism (SNP) loci, including two adjacent SNPs. One SNP was flanked by sequence resembling RNA‐directed DNA polymerase from mobile element jockey‐like . This locus is a promising candidate for the study of wing pattern development in spruce budworms, as jockey‐like transposable elements and polymerases have documented roles in wing spot production in other Lepidoptera. Our study links classical taxonomic characters and genomic data to provide insights into the potential genetic architecture of species differences. It also demonstrates previously untapped morphological and taxonomic value in voucher specimens from earlier molecular genetic analyses.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».