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Enregistrement W2998501200 · doi:10.1101/2020.01.06.895367

Parkinson’s Disease-linked LRRK2 structure and model for microtubule interaction

2020· preprint· en· W2998501200 sur OpenAlexfundno aff
Colin Deniston, John Salogiannis, Sebastian Mathea, David Snead, Indrajit Lahiri, Oscar Donosa, Reika Watanabe, Jan Böhning, Andrew K. Shiau, Elizabeth Villa, Samara L. Reck‐Peterson, Andrés E. Leschziner

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMicrotubule and mitosis dynamics
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNovartis PharmaUniversity of California, San DiegoDeutsche ForschungsgemeinschaftOntario Ministry of Economic Development and InnovationLudwig Institute for Cancer ResearchMerck KGaAFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São PauloGiannini Foundation of Agricultural EconomicsGenome CanadaCalifornia NanoSystems InstituteMinistero dello Sviluppo EconomicoHoward Hughes Medical InstitutePfizerNational Institutes of HealthA.P. Giannini FoundationNational Science Foundation
Mots-clésLRRK2MicrotubuleDyneinKinesinCell biologyKinaseProtein kinase domainChemistryMotilityBiophysicsBiologyBiochemistryGeneMutation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract L eucine R ich R epeat K inase 2 ( LRRK2 ) is the most commonly mutated gene in familial Parkinson’s disease. LRRK2 is proposed to function in membrane trafficking and co-localizes with microtubules. We report the 3.5Å structure of the catalytic half of LRRK2, and an atomic model of microtubule-associated LRRK2 built using a reported 14Å cryo-electron tomography in situ structure. We propose that the conformation of LRRK2’s kinase domain regulates its microtubule interaction, with a closed conformation favoring binding. We show that the catalytic half of LRRK2 is sufficient for microtubule binding and blocks the motility of the microtubule-based motors kinesin and dynein in vitro . Kinase inhibitors that stabilize an open conformation relieve this interference and reduce LRRK2 filament formation in cells, while those that stabilize a closed conformation do not. Our findings suggest that LRRK2 is a roadblock for microtubule-based motors and have implications for the design of therapeutic LRRK2 kinase inhibitors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,177
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,230
Écart entre enseignants0,216 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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