Crystallographic and kinetic analysis of temperature-variant isozymes
Notice bibliographique
Résumé
Biological catalysts have evolved to optimally work at a temperature regime at which their host organism thrives. The structural differences between homologous enzymes that work at temperature extremes can further our understanding of the underpinnings of enzyme function. In general, thermophilic enzymes have been described as "less-flexible" at room temperature, where their psychrophilic counterparts are "more flexible". The interplay between temperature, function, and dynamics is a relevant field of interest as it has impact upon the field of protein engineering. Our lab has a large host of structural and kinetic/functional data on our model enzyme, a mesophilic phosphoenolpyruvate carboxykinase (PEPCK), which must undergo a series of conformational changes to work optimally. Specifically, one dynamic element of PEPCK is a lid which transitions approximately 40 (tip-to-tip) to orient and protect substrates during catalysis. This lid is proposed to be sensitive to temperature fluctuations, where at lower temperatures it would become more rigid (closed) and at high temperatures more flexible (open). Both non-optimal conditions would impact its function, highlighting a delicate balance of dynamic motions. We have successfully crystallized a psychrophilic PEPCK which can be used to further investigate its dynamic properties. Structural and kinetic comparison of these variants can show us how an enzyme thermally adapts highly dynamic elements to maintain functional harmony.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».