Differential gene expression profiles of human efferent ducts and proximal epididymis
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Gene expression patterns along the epididymis are established by specific transcription factor networks that coordinate region-specific functions. In rodents, the epididymis can be divided in up to 19 segments. Based on gross anatomy, the human epididymis is divided into caput, corpus, and cauda segments together with efferent ducts that occupy the proximal part of this organ. OBJECTIVES: To determine to which extent gene expression pattern is segmented along the efferent ducts and the proximal region of the epididymis in men of reproductive age. MATERIALS AND METHODS: Epididymal transcriptome profiling was performed on eight distinct regions from three donors. Microarray analysis was performed on a gene-chip microarray. Differentially expressed genes (DEGs)>2-fold change (P < .05) were clustered in relation to their intensity profiles. Overrepresented biological functions from gene ontology were searched using DAVID 6.8. Expression profiles were validated by qRT-PCR quantification of selected genes. RESULTS: There were no DEGs among segments 1-3 of efferent ducts region neither among segments 4-6 of the caput epididymis. 1058 DEGs were identified between efferent ducts and the epididymis, whereas 444 and 846 DEGs distinguished the caput from the corpus (section 7) and cauda (section 8) epididymis, respectively. A total of 131 DEGs were detected between corpus (7) and cauda (8) transcriptomes. Up-regulated DEGs in the efferent ducts were predominantly related to cilium assembly/movement and cell differentiation. Fertilization, defense, and immune responses were associated with caput epididymis (4-6), while spermatogenesis and protein binding were found all along the epididymis (4-8). DISCUSSION: The proximal human epididymis is exclusively occupied by efferent ducts with a distinct DEG profile compared with the downstream epididymal segments. Moreover, gene expression profiling revealed two regions in the human epididymis: the caput and the distal corpus/cauda region. CONCLUSIONS: Human epididymal transcriptome reveals limited DEGs, and efferent ducts have a distinct DEGs profile.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».