Linking Transcriptomic and Imaging Data Defines Features of a Favorable Tumor Immune Microenvironment and Identifies a Combination Biomarker for Primary Melanoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Patients with resected stage II-III melanoma have approximately a 35% chance of death from their disease. A deeper understanding of the tumor immune microenvironment (TIME) is required to stratify patients and identify factors leading to therapy resistance. We previously identified that the melanoma immune profile (MIP), an IFN-based gene signature, and the ratio of CD8+ cytotoxic T lymphocytes (CTL) to CD68+ macrophages both predict disease-specific survival (DSS). Here, we compared primary with metastatic tumors and found that the nuclei of tumor cells were significantly larger in metastases. The CTL/macrophage ratio was significantly different between primary tumors without distant metastatic recurrence (DMR) and metastases. Patients without DMR had higher degrees of clustering between tumor cells and CTLs, and between tumor cells and HLA-DR+ macrophages, but not HLA-DR− macrophages. The HLA-DR− subset coexpressed CD163+CSF1R+ at higher levels than CD68+HLA-DR+ macrophages, consistent with an M2 phenotype. Finally, combined transcriptomic and multiplex data revealed that densities of CD8 and M1 macrophages correlated with their respective cell phenotype signatures. Combination of the MIP signature with the CTL/macrophage ratio stratified patients into three risk groups that were predictive of DSS, highlighting the potential use of combination biomarkers for adjuvant therapy. Significance: These findings provide a deeper understanding of the tumor immune microenvironment by combining multiple modalities to stratify patients into risk groups, a critical step to improving the management of patients with melanoma.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».