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Enregistrement W2999203462 · doi:10.1096/fj.201902093r

Calcium affects CHP1 and CHP2 conformation and their interaction with sodium/proton exchanger 1

2020· article· en· W2999203462 sur OpenAlexaff
Shuo Liang, Simon Fuchs, Evgeny V. Mymrikov, Anja Stulz, Michael Kaiser, Heiko Heerklotz, Carola Hunte

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
Thématiquethermodynamics and calorimetric analyses
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesDeutsche Forschungsgemeinschaft
Mots-clésChemistryCalciumGene isoformBiochemistryBiophysicsIsothermal titration calorimetryCalcium-binding proteinDissociation constantTitrationBiologyReceptorInorganic chemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Calcineurin B homologous proteins (CHPs) belong to the EF‐hand Ca 2+ ‐binding protein (EFCaBP) family. They have multiple important functions including the regulation of the Na + /H + exchanger 1 (NHE1). The human isoforms CHP1 and CHP2 share high sequence similarity, but have distinct expression profiles with CHP2 levels for instance increased in malignant cells. These CHPs bind Ca 2+ with high affinity. Biochemical data indicated that Ca 2+ can regulate their functions. Experimental evidence for Ca 2+ ‐modulated structural changes was lacking. With a newly established fluorescent probe hydrophobicity (FPH) assay, we detected Ca 2+ ‐induced conformational changes in both CHPs. These changes are in line with an opening of their hydrophobic pocket that binds the CHP‐binding region (CBD) of NHE1. Whereas the pocket is closed in the absence of Ca 2+ in CHP2, it is still accessible for the dye in CHP1. Both CHPs interacted with CBD in the presence and absence of Ca 2+ . Isothermal titration calorimetry (ITC) analysis revealed high binding affinity for both CHPs to CBD with equilibrium dissociation constants ( K D s) in the nanomolar range. The K D for CHP1:CBD was not affected by Ca 2+ , whereas Ca 2+ ‐depletion increased the K D 7‐fold for CHP2:CBD showing a decreased affinity. The data indicate an isoform specific regulatory interaction of CHP1 and CHP2 with NHE1.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,088
Score d'incertitude au seuil0,227

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,240
Écart entre enseignants0,217 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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