Prospective Evaluation of the Utility of Whole Exome Sequencing in Dilated Cardiomyopathy
Notice bibliographique
Résumé
Background Dilated cardiomyopathy may be heritable but shows extensive genetic heterogeneity. The utility of whole exome sequencing as a first‐line genetic test for patients with dilated cardiomyopathy in a contemporary “real‐world” setting has not been specifically established. Using whole exome sequencing with rigorous, evidence‐based variant interpretation, we aimed to identify the prevalence of a molecular diagnosis in patients with dilated cardiomyopathy in a clinical setting. Methods and Results Whole exome sequencing was performed in eligible patients (n=83) with idiopathic or familial dilated cardiomyopathy. Variants were prioritized for curation in up to 247 genes and classified using American College of Medical Genetics and Genomics–based criteria. Ten (12%) had a pathogenic or likely pathogenic variant. Eight (10%) participants had truncating TTN variants classified as variants of uncertain significance. Five (6%) participants had variants of unknown significance according to strict American College of Medical Genetics and Genomics criteria but classified as either pathogenic or likely pathogenic by other clinical laboratories. Pathogenic or likely pathogenic variants were found in 8 genes (all within tier 1 genes), 2 (20%) of which are not included in a standard commercially available dilated cardiomyopathy panel. Using our bioinformatics pipeline, there was an average of 0.74 variants of uncertain significance per case with ≈0.75 person‐hours needed to interpret each of these variants. Conclusions Whole exome sequencing is an effective diagnostic tool for patients with dilated cardiomyopathy. With stringent classification using American College of Medical Genetics and Genomics criteria, the rate of detection of pathogenic variants is lower than previous reports. Efforts to improve adherence to these guidelines will be important to prevent erroneous misclassification of nonpathogenic variants in dilated cardiomyopathy genetic testing and inappropriate cascade screening.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,023 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».