cagA gene EPIYA motif genetic characterization from Colombian Helicobacter pylori isolates: Standardization of a molecular test for rapid clinical laboratory detection
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this work was to determine current cagA gene EPIYA motifs present in Colombian Helicobacter pylori isolates using a fast and reliable molecular test. DNA from eighty-five Helicobacter pylori-cagA positive strains were analyzed. Strains were obtained from patients diagnosed with functional dyspepsia at Clínica Fundadores in Bogotá. The 3' region of the cagA gene was amplified through conventional Polymerase Chain Reaction (PCR). Obtained amplicons were sequenced using the Sanger method and analyzed with bioinformatics tools. Additionally, a significant Spearman correlation coefficient was determined between the patients' age and the number of EPIYA-C repeats; with p values < 0.05 considered significant. Estimates were obtained using a 95% CI. The 3´ variable region of the cagA gene was amplified and PCR products of the following sizes corresponded to the following EPIYA motifs: 400 bp: EPIYA AB, 500 bp: EPIYA ABC, 600 bp: EPIYA ABCC and 700 bp: ABCCC. A single PCR band was observed for 58 out of 85 Helicobacter pylori isolates, with an EPIYA distribution motif as follows: 7/85 AB (8.2%), 34/85 ABC (40%), 26/85 ABCC (30.6%) and 18/85 ABCCC (21.2%). However, in 27 out of 85 Helicobacter pylori isolates, two or more bands were observed, where the most predominant cagA genotype were ABC-ABCC (26%, 7/27) and ABCC-ABCCC (22.2%, 6/27). A direct proportionality between the number of EPIYA-C repeats and an increase in the patients' age was observed, finding a greater number of EPIYA ABCC and ABCCC repeats in the population over 50 years old. All isolates were of the Western cagA type and 51.8% of them were found to have multiple EPIYA-C repeats. These standardized molecular test allowed to identify the number of EPIYA C motifs based on band size.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».