Phenotypic and genotypic characteristics of communityacquired and hospital-acquired carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in patients with liver cirrhosis at the National Liver Institute of Egypt
Notice bibliographique
Résumé
Background: Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) is considered one of the most urgent public health problems worldwide with associated high morbidity and mortality rates. CRE has both community-acquired (CA) and hospital-acquired (HA) danger because of the transmissible nature of plasmids. Objectives: We aimed to compare the phenotypic and genotypic characteristics of carbapenemase genes in CRE isolates causing CA and HA infections in cirrhotic patients and the distribution of carbapenemase genes in both settings. Method: CRE isolates were taken from 38 recruited cirrhotic patients at the National Liver Institute at Menoufia University in Egypt between January 2017 and January 2018 with Enterobacteriaceae isolates resistant to at least one carbapenem. Isolates were identified and described by conventional techniques and confirmed by the VITEK 2 system, which was also used for antimicrobial susceptibility and the detection of extended-spectrum β-lactamase production. We then phenotypically and genotypically characterized all isolates for the presence of the most prevalent carbapenemase enzymes (Klebsiella pneumoniae carbapenemase [KPC], Verona integron metallo-betalactamases [VIM], New Delhi metallo-beta lactamase [NDM], and oxacillinase-48 [OXA-48]) and genes using multiplex polymerase chain reaction confirmed results. Results: All CRE isolates included in this study were resistant to all carbapenems tested and susceptible to colistin, while 20 of the 38 isolates were sensitive to tigecycline. Among the 24 HA CRE isolates, nine isolates (37.5%) contained OXA-48, three (12.5%) contained both OXA-48 and NDM-1, two contained KPC (8.3%), one carried NDM-1 (4.2%), and one included VIM (4.2%). The OXA-48 gene was the most frequent gene in both groups, and no statistically significant difference was found between the two groups in regards to prevalence. Conclusion: OXA-48 CRE is the most prevalent carbapenemase gene in Egyptian cirrhotic patients with similar phenotypic and genotypic characteristics to CA cases. This indicates the equal prevalence of CRE in community and hospital settings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».