Developing Combined Optical Spectroscopy and Mass Spectrometry Tools to Probe the Conformation of Double-Stranded DNA in the Gas Phase
Notice bibliographique
Résumé
Mass spectrometry (MS) has long been a popular analytical technique for the characterization of gas-phase molecules. Beginning in the late 20th century, the coupling of MS with soft ionization techniques such as electrospray ionization (ESI) and the development of various gas-phase methodologies facilitated the structural analysis of intact biomolecules. To that end, this dissertation describes the coupling of MS with optical spectroscopy for the characterization of isolated DNA-binding dyes and non-covalent double-stranded DNA (dsDNA) complexes in the gas phase. MS and optical spectroscopy analysis is performed using a quadrupole ion trap (QIT) that has been modified to perform photodissociation (PD) and laser-induced fluorescence (LIF) on mass-selected ions. First, fluorescence measurements on trapped rhodamine 640 ions are performed to visualize the cloud of trapped ions inside the QIT. Second, the intrinsic photophysical properties of the classic dsDNA intercalator, ethidium bromide, is presented via photodissociation action spectroscopy, dispersed emission spectra, and time-resolved measurements. Finally, latter chapters describe the use of non-covalent DNA-binders that exhibit “turn-on” fluorescence responses in solution and Förster Resonance Energy Transfer (FRET) methodologies to probe the conformation of dsDNA ions in the gas phase. The work described in this dissertation serves to develop methodologies that use MS and optical spectroscopy techniques to investigate the intrinsic intra- and intermolecular interactions present in biomolecules, without competing solvent effects.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».