Changes in polyhydroxyalkanoate granule accumulation make optical density measurement an unreliable method for estimating bacterial growth in <i>Burkholderia thailandensis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Optical density (OD) measurement is the standard method used in microbiology for estimating bacterial concentrations in cultures. However, most studies do not compare these measurements with viable cell counts and assume that they reflect the real cell concentration. Burkholderia thailandensis was recently identified as a polyhydroxyalkanoate (PHA) producer. PHA biosynthesis seems to be coded by an orthologue of the Cupriavidus necator phaC gene. When growing cultures of wild-type strain E264 and an isogenic phaC mutant, we noted a difference in their OD 600 values, although viable cell counts indicated similar growth. Investigating the cellular morphologies of both strains, we found that under our conditions the wild-type strain was full of PHA granules, deforming the cells, while the mutant contained no granules. These factors apparently affected the light scattering, making the OD 600 values no longer representative of cell density. We show a direct correlation between OD 600 values and the accumulation of PHA. We conclude that OD measurement is unreliable for growth evaluation of B. thailandensis because of PHA production. This study also suggests that B. thailandensis could represent an excellent candidate for PHA bioproduction. Correlation between OD measurements and viable cell counts should be verified in any study performed with B. thailandensis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».