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Enregistrement W3000233062 · doi:10.1101/2020.01.14.20017426

A Genetics-First Approach to Dissecting the Heterogeneity of Autism: Phenotypic Comparison of Autism Risk Copy Number Variants

2020· preprint· en· W3000233062 sur OpenAlexafffund
Samuel J. R. A. Chawner, Joanne Doherty, Richard Anney, Kevin M. Antshel, Carrie E. Bearden, Raphael Bernier, Wendy K. Chung, Caitlin C. Clements, Sarah Curran, Goran Čuturilo, Ania Fiksinski, Louise Gallagher, Robin P. Goin‐Kochel, Leila Kushan, Raquel E. Gur, Ellen Hanson, Sébastien Jacquemont, Wendy R. Kates, Anne Maillard, Donna M. McDonald‐McGinn, Marina Mihaljević, Judith S. Miller, Hayley Moss, Milica Pejović-Milovančević, Robert T. Schultz, LeeAnne Green‐Snyder, Jacob Vorstman, Tara Wenger, Jérémy Hall, Michael J. Owen, Marianne B. M. van den Bree

Notice bibliographique

RevuemedRxiv · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomic variations and chromosomal abnormalities
Établissements canadiensHospital for Sick ChildrenUniversité de MontréalSickKids FoundationUniversity of TorontoUniversity Health NetworkToronto General HospitalCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineCentre for Addiction and Mental Health
Organismes subventionnairesEuropean Cooperation in Science and TechnologyOntario Genomics InstituteWaterloo FoundationHealth Research BoardWellcome TrustFondation Brain CanadaNational Institutes of HealthSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungOntario GenomicsGenome CanadaSimons FoundationMedical Research CouncilCardiff UniversityInternational Seafood Sustainability FoundationSimons Foundation Autism Research InitiativeAutism SpeaksCanadian Institutes of Health ResearchNational Science Foundation
Mots-clésAutismCopy-number variationHeritability of autismGene duplicationAutism spectrum disorderGeneticsPhenotypeGenetic heterogeneityPsychologyGenotypeTraitBiologyPsychiatryGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Objective Certain copy number variants (CNVs) greatly increase risk of autism. We conducted a genetics-first study to investigate whether heterogeneity in the clinical presentation of autism is underpinned by specific genotype-phenotype relationships. Methods This international study included 547 individuals (12.3 years (SD=4.2), 54% male) who were ascertained on the basis of having a genetic diagnosis of a rare CNV associated with high risk of autism (82 16p11.2 deletion carriers, 50 16p11.2 duplication carriers, 370 22q11.2 deletion carriers and 45 22q11.2 duplication carriers), as well as 2027 individuals (9.1 years (SD=4.9), 86% male) with autism of heterogeneous aetiology. The Autism Diagnostic Interview-Revised (ADI-R) and IQ testing were conducted. Results The four genetic variant groups differed in autism severity, autism subdomain profile as well as IQ profile. However, we found substantial variability in phenotypic outcome within individual genetic variant groups (74% to 97% of the variance depending on the trait), whereas variability between groups was low (1% to 21% depending on trait). We compared CNV carriers who met autism criteria, to individuals with heterogeneous autism, and a range of profile differences were identified. Using clinical cut-offs, we found that 54% of individuals with one of the 4 CNVs who did not meet full autism diagnostic criteria nonetheless had elevated levels of autistic traits. Conclusion Many CNV carriers do not meet full diagnostic criteria for autism, but nevertheless meet clinical cut-offs for autistic traits. Although we find profile differences between variants, there is considerable variability in clinical symptoms within the same variant.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,223
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,028
Tête enseignante GPT0,279
Écart entre enseignants0,251 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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