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Enregistrement W3000434011 · doi:10.1038/s41597-019-0344-7

A global database for metacommunity ecology, integrating species, traits, environment and space

2020· article· en· W3000434011 sur OpenAlexaff
Aliénor Jeliazkov, Darko Mijatovic, Stéphane Chantepie, Nigel R. Andrew, Raphaël Arlettaz, Luc Barbaro, Nadia Barsoum, Alena Sucháčková Bartoňová, Elena Belskaya, Núria Bonada‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬‬, Anik Brind’Amour, Rodrigo Assis de Carvalho, Helena Castro, Damian Chmura, Philippe Choler, Karen Chong‐Seng, Daniel F. R. Cleary, A. Cormont, William K. Cornwell, Ramiro de Campos, Nicole J. de Voogd, Sylvain Dolédec, Joshua Drew, Frank Dziock, Anthony Eallonardo, Melanie J. Edgar, Fábio Z. Farneda, Domingo Flores Hernández, Cédric Frenette‐Dussault, Guillaume Fried, Belinda Gallardo, Heloise Gibb, Thiago Gonçalves‐Souza, Janet Higuti, Jean‐Yves Humbert, Boris R. Krasnov, Eric Le Saux, Zoë Lindo, Adrià López‐Baucells, Elizabeth Lowe, Bryndís Marteinsdóttir, Koen Martens, Peter J. Meffert, Andrés Mellado‐Díaz, Myles H. M. Menz, Christoph F. J. Meyer, Julia Ramos Miranda, David Mouillot, Alessandro Ossola, Robin J. Pakeman, Sandrine Pavoine, Burak K. Pekin, Joan Pino, Arnaud Pocheville, Francesco Pomati, Peter Poschlod, Honor C. Prentice, Oliver Purschke, Valérie Raevel, Triin Reitalu, Willem Renema, Ignacio Ribera, Natalie Robinson, Bjorn J. M. Robroek, Ricardo Rocha, Sen-Her Shieh, Rebecca Spake, Monika Staniaszek‐Kik, Michał Stanko, Francisco Leonardo Tejerina‐Garro, Cajo J. F. ter Braak, Mark C. Urban, Roel van Klink, Sébastien Villéger, R.J.M. Wegman, Martin J. Westgate, Jonas O. Wolff, Jan Żarnowiec, Maxim Zolotarev, Jonathan M. Chase

Notice bibliographique

RevueScientific Data · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineEnvironmental Science
ThématiqueSpecies Distribution and Climate Change
Établissements canadiensWestern UniversityUniversité de Montréal
Organismes subventionnairesConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoDeutsche ForschungsgemeinschaftDeutsches Zentrum für integrative Biodiversitätsforschung Halle-Jena-LeipzigSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésMetacommunityEcologyTraitBiodiversityEcosystemTaxonCommunityDatabaseBiologyMacroecologySpatial ecologyGeographyComputer scienceBiological dispersal

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The use of functional information in the form of species traits plays an important role in explaining biodiversity patterns and responses to environmental changes. Although relationships between species composition, their traits, and the environment have been extensively studied on a case-by-case basis, results are variable, and it remains unclear how generalizable these relationships are across ecosystems, taxa and spatial scales. To address this gap, we collated 80 datasets from trait-based studies into a global database for metaCommunity Ecology: Species, Traits, Environment and Space; "CESTES". Each dataset includes four matrices: species community abundances or presences/absences across multiple sites, species trait information, environmental variables and spatial coordinates of the sampling sites. The CESTES database is a live database: it will be maintained and expanded in the future as new datasets become available. By its harmonized structure, and the diversity of ecosystem types, taxonomic groups, and spatial scales it covers, the CESTES database provides an important opportunity for synthetic trait-based research in community ecology.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,011
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Jeu de données · Signal consensuel: Jeu de données
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,042

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,011
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,001
Bibliométrie0,0100,015
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0030,003
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0120,009

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,114
Tête enseignante GPT0,289
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreJeu de données

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations64
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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