Impact épigénomique de mutations associées à des syndromes neurodéveloppementaux dans des régulateurs de la chromatine
Notice bibliographique
Résumé
Les syndromes neurodéveloppementaux, caractérisés par un déficit intellectuel, un retard global du développement, ou un trouble du spectre de l’autisme, affectent environ cinq pourcents de la population. De ceux-ci, une grande partie de leur génétique sous-jacente est encore inconnue. Des mutations dans des composantes de complexes de remodelage de la chromatine ont été associées précédemment à plusieurs syndromes neurodéveloppementaux, impliquant des modifications épigénétiques de l’ADN ou d’histones, et le remodelage de nucléosomes. Nous avons identifié des individus porteurs de mutations dans TRRAP, un gène impliqué dans les complexes histone acétyl-transférase, SMARCC2, une protéine structurale du complexe de remodelage des nucléosomes SWI/SNF, et CHD3, l’une des hélicases ATP-dépendantes du complexe de remodelage des nucléosomes NuRD. Pour les trois, nous avons étudié à l’échelle cellulaire l’expression génique globale et l’ouverture de la chromatine dans des cellules provenant de certains de ces individus par séquençage à haut débit. Ainsi pour chacun des groupes d’individus, nous avons pu démontrer que certains gènes sont différentiellement exprimés, et dans le cas d’individus porteurs de mutations dans TRRAP, que plusieurs de ces gènes sont associés à une plus grande ouverture de la chromatine au niveau de leur promoteur; une grande partie d’entre eux ayant un rôle dans le développement neural ou la fonction neuronale.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».