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Enregistrement W3000571856 · doi:10.1371/journal.pone.0227281

Spectral characteristics of urine from patients with end-stage kidney disease analyzed using Raman Chemometric Urinalysis (Rametrix)

2020· article· en· W3000571856 sur OpenAlexfundno aff
Ryan S. Senger, Meaghan Sullivan, Austin Gouldin, Stephanie Lundgren, Kristen Merrifield, Caitlin Steen, Emily Baker, Tommy Vu, Ben Agnor, Gabrielle Martinez, Hana Coogan, William Carswell, Varun Kavuru, Lampros Karageorge, Devasmita Dev, Pang Du, Allan H. Sklar, James L. Pirkle, Susan Guelich, Giuseppe Orlando, John L. Robertson

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSpectroscopy Techniques in Biomedical and Chemical Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesHatchCenter for Innovative Technology
Mots-clésUrinalysisStage (stratigraphy)UrineMedicineKidneyKidney diseaseUrologyInternal medicinePathologyBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Raman Chemometric Urinalysis (RametrixTM) was used to discern differences in Raman spectra from (i) 362 urine specimens from patients receiving peritoneal dialysis (PD) therapy for end-stage kidney disease (ESKD), (ii) 395 spent dialysate specimens from those PD therapies, and (iii) 235 urine specimens from healthy human volunteers. RametrixTM analysis includes spectral processing (e.g., truncation, baselining, and vector normalization); principal component analysis (PCA); statistical analyses (ANOVA and pairwise comparisons); discriminant analysis of principal components (DAPC); and testing DAPC models using a leave-one-out build/test validation procedure. Results showed distinct and statistically significant differences between the three types of specimens mentioned above. Further, when introducing "unknown" specimens, RametrixTM was able to identify the type of specimen (as PD patient urine or spent dialysate) with better than 98% accuracy, sensitivity, and specificity. RametrixTM was able to identify "unknown" urine specimens as from PD patients or healthy human volunteers with better than 96% accuracy (with better than 97% sensitivity and 94% specificity). This demonstrates that an entire Raman spectrum of a urine or spent dialysate specimen can be used to determine its identity or the presence of ESKD by the donor.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,124
Score d'incertitude au seuil0,769

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,026
Tête enseignante GPT0,266
Écart entre enseignants0,240 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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