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Enregistrement W3000668058 · doi:10.1101/2020.01.17.910497

Trans-ethnic and ancestry-specific blood-cell genetics in 746,667 individuals from 5 global populations

2020· preprint· en· W3000668058 sur OpenAlexaff
Ming‐Huei Chen, Laura M. Raffield, Abdou Mousas, Saori Sakaue, Jennifer E. Huffman, Tao Jiang, Parsa Akbari, Dragana Vuckovic, Erik L. Bao, Arden Moscati, Xue Zhong, Regina Manansala, Véronique Laplante, Minhui Chen, Ken Sin Lo, Huijun Qian, Caleb A. Lareau, Mélissa Beaudoin, Masato Akiyama, Traci M. Bartz, Yoav Ben‐Shlomo, Andrew D Beswick, Jette Bork‐Jensen, Erwin P. Böttinger, Jennifer A. Brody, Frank J.A. van Rooij, Kumaraswamy Naidu Chitrala, Kelly Cho, Hélène Choquet, Adolfo Correa, John Danesh, Emanuele Di Angelantonio, Niki Dimou, Jingzhong Ding, Paul Elliott, Tõnu Esko, Michele K. Evans, James S. Floyd, Linda Broer, Niels Grarup, Michael H. Guo, Andreas Greinacher, Jeff Haessler, Torben Hansen, Joanna M. M. Howson, Wei Huang, Eric Jorgenson, Tim Kacprowski, Mika Kähönen, Masahiro Kanai, Savita Karthikeyan, Leslie A. Lange, Terho Lehtimäki, Markus M. Lerch, Allan Linneberg, Ching‐Ti Liu, Leo-Pekka Lyytikäinen, Ani Manichaikul, Koichi Matsuda, Karen L. Mohlke, Nina Mononen, Yoshinori Murakami, Girish N. Nadkarni, Matthias Nauck, Kjell Nikus, Willem H. Ouwehand, Nathan Pankratz, Oluf Pedersen, Michael Preuß, Bruce M. Psaty, Olli Raitakari, David J. Roberts, Stephen S. Rich, Blanca Rodríguez, Jonathan D. Rosen, Jerome I. Rotter, Petra Schubert, Cassandra N. Spracklen, Praveen Surendran, Hua Tang, Jean‐Claude Tardif, Mohsen Ghanbari, Uwe Völker, Henry Völzke, Nicholas A. Watkins, Alan B. Zonderman, VA Million Veteran Program, Peter W.F. Wilson, Yun Li, Adam S. Butterworth, Jean‐François Gauchat, Charleston W. K. Chiang, Bingshan Li, Ruth J. F. Loos, William J. Astle, Evangelos Evangelou, Vijay G. Sankaran, Yukinori Okada, Nicole Soranzo, Andrew D. Johnson, Alex P. Reiner, Paul L. Auer, Guillaume Lettre

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Heart Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyGeneticsGenetic architectureGenome-wide association studyGenetic associationGenetic genealogyEthnic groupTraitPhenotypeGeneGenotypePopulationDemographySingle-nucleotide polymorphism

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

SUMMARY Most loci identified by GWAS have been found in populations of European ancestry (EA). In trans-ethnic meta-analyses for 15 hematological traits in 746,667 participants, including 184,535 non-EA individuals, we identified 5,552 trait-variant associations at P <5×10 −9 , including 71 novel loci not found in EA populations. We also identified novel ancestry-specific variants not found in EA, including an IL7 missense variant in South Asians associated with lymphocyte count in vivo and IL7 secretion levels in vitro . Fine-mapping prioritized variants annotated as functional, and generated 95% credible sets that were 30% smaller when using the trans-ethnic as opposed to the EA-only results. We explored the clinical significance and predictive value of trans-ethnic variants in multiple populations, and compared genetic architecture and the impact of natural selection on these blood phenotypes between populations. Altogether, our results for hematological traits highlight the value of a more global representation of populations in genetic studies.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,395
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,227 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations63
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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