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Enregistrement W3000693105 · doi:10.1002/cpmo.67

Efficient Generation of Large‐Fragment Knock‐In Mouse Models Using 2‐Cell (2C)‐Homologous Recombination (HR)‐CRISPR

2020· article· en· W3000693105 sur OpenAlexafffund
Bin Gu, Eszter Pósfai, Marina Gertsenstein, Janet Rossant

Notice bibliographique

RevueCurrent Protocols in Mouse Biology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCRISPR and Genetic Engineering
Établissements canadiensToronto Centre for PhenogenomicsHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchOntario Genomics Institute
Mots-clésCRISPRBiologyComputational biologyGene knockinHomologous recombinationCas9Guide RNAGenome editingGeneticsDNAGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Generating large‐fragment knock‐ins, such as reporters, conditional alleles, or humanized alleles, directly in mouse embryos is still a challenging feat. We have developed 2C‐HR‐CRISPR, a technology that allows highly efficient (10‐50%) and rapid (generating founders in 2 months) targeting of large DNA fragments. Key to this strategy is the delivery of CRISPR reagents into 2‐cell‐stage mouse embryos, taking advantage of the high homologous recombination activity during the long G 2 cell cycle phase at this stage. Furthermore, by exploiting a Cas9–monomeric streptavidin (Cas‐mSA) and biotinylated PCR template (BioPCR) system to localize the repair template to specific double strand breaks, the efficiency can be further improved to up to 95%. Here we provide a procedure to generate large‐fragment knock‐in mouse models using 2C‐HR‐CRISPR. We first describe the principles for designing single guide RNAs and repair templates but refer to published manuscripts and protocols for molecular cloning methods or commercial sources for these reagents. We then describe two unique aspects of 2C‐HR‐CRISPR that are critical for success: (1) production of the CRISPR reagents for 2C‐HR‐CRISPR, particularly for applying the Cas9‐mSA/BioPCR method, and (2) microinjection of mouse embryos at the 2‐cell stage. © 2020 by John Wiley & Sons, Inc. Basic Protocol 1 : Single guide RNA and repair template design Basic Protocol 2 : Preparing reagents for 2C‐HR‐CRISPR Basic Protocol 3 : Microinjecting 2‐cell‐stage mouse embryos

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,125
Score d'incertitude au seuil0,946

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,060
Tête enseignante GPT0,390
Écart entre enseignants0,330 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations46
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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