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Enregistrement W3001165932 · doi:10.1101/2020.01.21.901744

The zinc cluster transcription factor Rha1 is a positive filamentation regulator in <i>Candida albicans</i>

2020· preprint· en· W3001165932 sur OpenAlexafffund
Raha Parvizi Omran, Chris Law, Vanessa Dumeaux, Joachim Morschhäuser, Malcolm Whiteway

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAntifungal resistance and susceptibility
Établissements canadiensConcordia University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchConcordia University
Mots-clésCandida albicansBiologyFilamentationCell biologyGeneCorpus albicansTranscription factorMicrobiologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Zinc cluster transcription factors are essential fungal specific regulators of gene expression. In the dimorphic pathogen Candida albicans, they control processes ranging from metabolism and stress adaptation to mating, virulence, and antifungal resistance. Here, we have identified the gene CaORF19.1604 as encoding a zinc cluster transcription factor that acts as a regulator of filament development. Hyperactivation of CaORF19.1604 , which we have named RHA1 for R egulator of H yphal A ctivity, leads to a wrinkled colony morphology under non-hyphal growth conditions, to pseudohyphal growth and filament formation, to invasiveness and enhanced biofilm formation. Cells with activated Rha1 are sensitive to cell wall modifying agents such as Congo red and the echinocandin drug caspofungin but show normal sensitivity to fluconazole. RNA-sequencing-based transcriptional profiling of the activated Rha1 strain reveals the up-regulation of genes for core filamentation and cell-wall-adhesion-related proteins such as Als1, Als3, Ece1, and Hwp1. Upregulation is also seen for the genes for the hyphal-inducing transcription factors Brg1 and Ume6 and genes encoding several enzymes involved in arginine metabolism, while downregulation is seen for the hyphal repressor Nrg1. The deletion of BRG1 blocks the filamentation caused by activated Rha1, while null mutants of UME6 result in a partial block. Deletion of RHA1 can partially reduce healthy hyphal development triggered by environmental conditions such as Spider medium or serum at 37°C. In contrast to the limited effect of either single mutant, the double rha1 ume6 deletion strain is totally defective in both serum and Spider medium stimulated hyphal development. While the loss of Brg1 function blocks serum-stimulated hyphal development, this block can be significantly bypassed by Rha1 hyperactivity, and the combination of Rha1 hyperactivity and serum addition can generate significant polarization in even brg1 ume6 double mutants. Our results thus suggest that in response to external signals, Rha1 functions to facilitate the switch from an Nrg1 controlled yeast state to a Brg1/Ume6 regulated hyphal state. Author Summary Candida albicans is the predominant human fungal pathogen, generating a mortality rate of 40% in systemically infected patients. The ability of Candida albicans to change its morphology is a determinant of its tissue penetration and invasion in response to variant host-related stimuli. The regulatory mechanism for filamentation includes a complex network of transcription factors that play roles in regulating hyphae associated genes. We identify here a new regulator of filamentation from the zinc cluster transcription factor family. We present evidence suggesting that this transcription factor assists the Nrg1/Brg1 switch regulating hyphal development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,248
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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