Mobile element insertion detection in 89,874 clinical exomes
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: Exome sequencing (ES) is increasingly used for the diagnosis of rare genetic disease. However, some pathogenic sequence variants within the exome go undetected due to the technical difficulty of identifying them. Mobile element insertions (MEIs) are a known cause of genetic disease in humans but have been historically difficult to detect via ES and similar targeted sequencing methods. METHODS: We developed and applied a novel MEI detection method prospectively to samples received for clinical ES beginning in November 2017. Positive MEI findings were confirmed by an orthogonal method and reported back to the ordering provider. In this study, we examined 89,874 samples from 38,871 cases. RESULTS: Diagnostic MEIs were present in 0.03% (95% binomial test confidence interval: 0.02-0.06%) of all cases and account for 0.15% (95% binomial test confidence interval: 0.08-0.25%) of cases with a molecular diagnosis. One diagnostic MEI was a novel founder event. Most patients with pathogenic MEIs had prior genetic testing, three of whom had previous negative DNA sequencing analysis of the diagnostic gene. CONCLUSION: MEI detection from ES is a valuable diagnostic tool, reveals molecular findings that may be undetected by other sequencing assays, and increases diagnostic yield by 0.15%.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».