Molecular and cellular heterogeneity of gastric cancer explained by methylation-driven key regulators
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gastric cancer (GC) is a heterogeneous disease of diverse genetic, genomic, and epigenetic alterations. Tumor microenvironment (TME) also contributes to the heterogeneity of GC. To investigate GC heterogeneity, we developed an Integrative Sequential Causality Test (ISCT) to identify key regulators of GC by integrating DNA methylation, copy number variation, and transcriptomic data. Applying ISCT to three GC cohorts containing methylation, CNV and transcriptomic data, 11 common methylation-driven key regulators ( ADHFE1, CDO1, CRYAB, FSTL1, GPT, PKP3, PTPRCAP, RAB25, RHOH, SFN, and SORD ) were identified. Based on these 11 genes, gastric tumors were clustered into 3 clusters which were associated with known molecular subtypes, Lauren classification, tumor stage, and patient survival, suggesting significance of the methylation-driven key regulators in molecular and histological heterogeneity of GC. We further showed that chemotherapy benefit was different in the 3 GC clusters and varied depending on the tumor stage. Both immune/stromal proportions in TME and tumor cell genomic variations contributed to expression variations of the 11 methylation-driven key regulators and to the GC heterogeneity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».