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Enregistrement W3002923559 · doi:10.1371/journal.pcbi.1006919

Notch signaling and taxis mechanisms regulate early stage angiogenesis: A mathematical and computational model

2020· article· en· W3002923559 sur OpenAlexfundno aff
Rocío Vega, Manuel Carretero, Rui D. M. Travasso, L. L. Bonilla

Notice bibliographique

RevuePLoS Computational Biology · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAngiogenesis and VEGF in Cancer
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCourant Institute of Mathematical Sciences, New York UniversityFundação para a Ciência e a TecnologiaPrograma Operacional Temático Factores de CompetitividadeDivision of Mathematical SciencesMinisterio de Asuntos Económicos y Transformación Digital, Gobierno de EspañaYork University
Mots-clésAngiogenesisNotch signaling pathwayExtracellular matrixCell biologyBlood vesselBiologyWound healingSignal transductionImmunologyCancer research

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

During angiogenesis, new blood vessels sprout and grow from existing ones. This process plays a crucial role in organ development and repair, in wound healing and in numerous pathological processes such as cancer progression or diabetes. Here, we present a mathematical model of early stage angiogenesis that permits exploration of the relative importance of mechanical, chemical and cellular cues. Endothelial cells proliferate and move over an extracellular matrix by following external gradients of Vessel Endothelial Growth Factor, adhesion and stiffness, which are incorporated to a Cellular Potts model with a finite element description of elasticity. The dynamics of Notch signaling involving Delta-4 and Jagged-1 ligands determines tip cell selection and vessel branching. Through their production rates, competing Jagged-Notch and Delta-Notch dynamics determine the influence of lateral inhibition and lateral induction on the selection of cellular phenotypes, branching of blood vessels, anastomosis (fusion of blood vessels) and angiogenesis velocity. Anastomosis may be favored or impeded depending on the mechanical configuration of strain vectors in the ECM near tip cells. Numerical simulations demonstrate that increasing Jagged production results in pathological vasculatures with thinner and more abundant vessels, which can be compensated by augmenting the production of Delta ligands.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,673
Score d'incertitude au seuil0,652

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,256
Écart entre enseignants0,226 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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