Incorporation of information diffusion model for enhancing analyses in HIV molecular surveillance
Notice bibliographique
Résumé
Molecular surveillance of infections is essential in monitoring their transmission in the population. In this study, newly diagnosed HIV patients' phylogenetic, clinical and behavioural data were integrated, and an information diffusion model was incorporated in analysing transmission dynamics. A genetic network was constructed from HIV sequences, from which transmission cascades were extracted. From the transmission cascades, CRF01_AE had higher values of information diffusion metrics, including scale, speed and range, than that of B, signifying the distinct transmission patterns of two circulating subtypes in Hong Kong. Patients connected in the network, were more likely male, younger, of main circulating subtypes, to have acquired HIV infection locally, and a higher CD4 level at diagnosis. Genetic connections varied among men who have sex with men (MSM) who used different channels of sex networking and varied in their engagement in risk behaviours. MSM using recreational drugs for sex held positions of greater importance within the network. Significant differences in network metrics were observed among MSM as differentiated by their mobile apps usage patterns, evidencing the impact of social network on transmission networks. The applied model in the presence of consistently collected longitudinal data could enhance HIV molecular epidemiologic surveillance for informing future intervention planning.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».